Mardus war nach der Zwangsvereinigung von SPD und KPD zur SED in Ostdeutschland im Jahre 1946 weiter in den fortbestehenden SPD-Ortsvereinen tätig. Bei der Wahl zur Stadtverordnetenversammlung von Groß-Berlin im Oktober 1946 wurde er zwar gewählt, schied aber im Februar 1947 aus. Im Januar 1947 wurde Mardus Bezirksbürgermeister vom Berliner Bezirk Friedrichshain, nachdem der von der Bezirksverordnetenversammlung Friedrichshain gewählte Bezirksbürgermeister, Erich Lange (1908–1954), ebenfalls von der SPD, durch die Sowjetische Militäradministration in Deutschland (SMAD) nicht bestätigt worden war.[1]
Am 25. Oktober 1947 wurde er von seiner Position durch die SMAD unter dem sowjetischen Kommandanten von Berlin, Generalmajor Alexander Georgijewitsch Kotikow entlassen.[1] Er wurde der Sabotage der „Holzaktion“ zur Brennstoffversorgung in den Nachkriegswintern beschuldigt.
Wilhelm Mardus heiratete im Jahr 1917 in Berlin Emma Hanke. Ein Sohn wurde 1919 geboren, der 1956 mit Familie nach Kanada auswanderte.