Er war der Sohn des Ignaz Altaner (1843–1922) und der Anna Glinski († 1923). Altaner war Franziskaner-Provinzial sowie Professor für Alte Kirchengeschichte und Patrologie in Breslau (Niederschlesien) und Würzburg (Unterfranken).
Er studierte an der Universität Breslau, wo er auch im Jahr 1911 promoviert wurde. Seine Dissertation trug den Titel „Venturino von Bergamo (1304–1346); eine Biographie, zugleich ein Beitrag zur Geschichte des Dominikanerordens im 14. Jahrhundert“ (In: Kirchengeschichtliche Abhandlungen. Band 9, Heft 2, Verlag Nischkowsky, Breslau 1911).
Der Verlag Herder machte ihm das Angebot, das von Gerhard Rauschen verfasste und zuletzt von Joseph Wittig bearbeitete Studentenlehrbuch „Grundriß der Patrologie“ neu herauszugeben. Altaner akzeptierte und veröffentlichte 1931 seine überarbeitete Fassung (Gerhard Rauschen: Patrologie. Die Schriften der Kirchenväter und ihr Lehrgehalt. 10. und 11. Auflage. Neubearbeitung von Berthold Altaner, Herder Verlag, Freiburg 1931). Im Jahr 1959 übertrug er die weitere Bearbeitung dem Kirchenhistoriker Alfred Stuiber (1912–1981).
Aufgrund seiner Nähe zur Friedensbewegung wurde Altaner nach der Machtergreifung der Nationalsozialisten sofort im Jahr 1933 von seinem Amt suspendiert und aus dem Staatsdienst entlassen.
Am 2. Februar 1945 musste Altaner aus Breslau fliehen. Ab 1. August 1946 war er Ordinarius an der Julius-Maximilians-Universität Würzburg. Einen Ruf nach Salzburg, der auf die Initiative Papst Pius XII. zurückging, lehnte Altaner ab. Altaner wurde am 30. September 1950 emeritiert.
Er starb in einem Altenheim in Bad Kissingen, nachdem er sich am 2. Februar 1962 einen Oberschenkelhalsbruch zugezogen hatte, von dem er sich nicht wieder vollständig erholt hatte.