Glondys war der Sohn des katholischen Bäckermeisters Joseph Glondys (1834–1906) und seiner Frau Johanna, die insgesamt fünf Kinder großzogen. Sein Vater Joseph fühlte sich eher als Bürger des österreichisch-ungarischen Staatswesens denn als Angehöriger deutschen Volkstums. Von 1889 bis 1893 besuchte er die deutsche Volksschule in Biala und von 1894 bis 1901 das humanistische Gymnasium in Bielitz (Schlesien). Danach studierte er in Graz Philosophie. Der römisch-katholischen Kirche entfremdete er sich mehr und mehr, stattdessen fand er Zugang zu Martin Luthers Rechtfertigungslehre und ihrer Bedeutung für den evangelischen Glauben.
Aus diesem Grunde konvertierte er 1903 zur Evangelischen Kirche. Er studierte evangelisch-lutherische Theologie in Wien und Marburg (Lahn) und legte sein Examen in Wien ab. Im Jahre 1907 wurde er Vikar in Eisenau (Bukowina), wo er zur Unterstützung des Pfarrers von Jakobeni tätig wurde. Im Jahre 1909 wurde er Personalvikar in Czernowitz und 1911 dort zum Stadtpfarrer gewählt. Außerdem promovierte er 1917 in Graz zum Doktor der Philosophie und habilitierte sich 1919 an der Philosophischen Fakultät der Universität Czernowitz. 1922 wurde er Stadtpfarrer in Kronstadt, 1930 Bischofsvikar und im November 1932 Bischof der evangelischen Landeskirche Augsburgischen Bekenntnisses in Rumänien.
Bereits 1931 hatte er sich in einer Predigt über das Gleichnis vom barmherzigen Samariter gegen die rassistische Verfremdung durch die Vertreter einer völkischen Theologie innerhalb seiner Kirche und des siebenbürgisch-sächsischen Volkstums ausgesprochen. Das universelle Liebesgebot Jesu gelte
„ebenso für Chinesen und Neger wie für Juden und Abendländer, ebenso zur Zeit Jesu wie heute und zu allen Zeiten.“
Während seiner Amtszeit hatte sich Glondys vielfacher Angriffe völkischer und antisemitischer Kräfte zu erwehren. Einer der fanatischsten Vertreter war der Pfarrer von Birk, Friedrich Benesch. 1936/37 lief ein Amtsenthebungsverfahren gegen diesen Pfarrer durch das Konsistorium der evangelischen Kirche unter Bischof Dr. Viktor Glondys wegen Beneschs nationalsozialistischen politischen Aktivitäten. Benesch stellte 1939 einen Antrag auf Beitritt zur SS, woraufhin er bis zu seiner Rücknahme dieses Antrags als „SS-Bewerber“ geführt wurde. Später trat er aus der Evangelischen Kirche aus und zur Anthroposophie über. Er wurde Priester und Lehrer der Christengemeinschaft.[4]
Vertreter der NS-Ideologie in der Kirche versetzten Glondys im Februar 1941 zwangsweise in den Ruhestand. Ungeachtet dessen setzte er seine theologische Arbeit in der Lutherakademie von Hermannstadt fort.
Als sich jedoch die innenpolitische Lage in Rumänien durch das Aufbegehren antinazistischer Kräfte gegen das Antonescu-Regime dramatisch veränderte, kehrte er am 23. August 1944 in sein Bischofsamt zurück und ging 1945 in den Ruhestand, nahm aber in der Lutherakademie seine Vortragstätigkeit wieder auf.
Glondys vertrat die Evangelische Kirche A.B. in Rumänien im Lutherischen Weltbund und im Gustav-Adolf-Werk. Er war Begründer und Leiter der Arbeitsgemeinschaft der deutsch-evangelischen Kirchen Südosteuropas und Mitglied des Senats der Luther-Akademie in Sondershausen.
Viktor Glondys war verheiratet mit der Hofratstochter Alice Mayer und hatte mit ihr den Sohn Kurt.