Als Waise auf dem Hof des Herrn von Pfeil erzogen, erhielt er schon als Kind qualifizierten Musikunterricht und wurde in jungen Jahren mit Herrnhut bekannt. 1742 begann er dort seine Tätigkeit als Organist und Leiter der Gemein-Musik. Erste Kompositionen entstanden 1759. Im Auftrag der Herrnhuter Brüdergemeine bereiste er in verschiedenen Funktionen die Gemeinen mehrerer europäischer und amerikanischer Länder. 1789 wurde er in Herrnhut zum Bischof ordiniert.
Gregors musikgeschichtliche Bedeutung liegt vor allem auf hymnologischem Gebiet. Er stellte ab 1775 das neue herrnhutische Gesangbuch zusammen.