Thomas Rehdiger war der Sohn des Kaufmanns Nicolaus Rehdiger, erstmals 1511 in Breslau erwähnt.
Durch sein Erbteil finanziell gut ausgestattet, wurde er humanistisch ausgezeichnet ausgebildet. Nach dem Besuch des Elisabet-Gymnasiums folgten Studien der Rechtswissenschaft, der Theologie und der Philosophie in Wittenberg, wobei er auch Schüler von Philipp Melanchthon war. Er beherrschte fast alle klassischen Sprachen in Wort und Schrift. Im Mai 1561 kehrte er mit ausgezeichneten Zeugnissen von der Wittenberger Universität zurück. Er begann 1561, auf Cratos Rat hin in Begleitung von Hubert Languet,[2] seine Rundreise durch Frankreich und die Niederlande.
In Paris schloss er Freundschaft mit dem Botaniker Clusius. Im gleichen Jahr flüchteten sie vor der Pest nach Antwerpen. 1563 reiste er nach Frankreich und 1567 nach Italien. 1571 ging er nach Köln. Er besuchte bedeutende Bibliotheken. Sein Vermögen gestattete es ihm, zahlreiche wertvolle Bücher zu erwerben. Seine zusammengetragene Sammlung bestand aus etwa 300 Handschriften und 6.000 Druckwerken und kam 1645 durch einen Vertrag mit den Nachkommen in den Besitz der Stadt Breslau. Im Zusammenfügen der Pfarrbibliotheken von St. Maria-Magdalena und St. Bernhardin in Breslau wurde diese bedeutende Sammlung, die zuvor durch den jeweiligen Prorektor des Elisabet-Gymnasiums, so u. a. auch vom Historiographen Karl Adolf Menzel verwaltet wurde, zum wesentlichen Bestandteil der dortigen Stadtbibliothek als Bibliotheca Rehdigerana.