Ernst Seger besuchte ab 1884 die Bildhauerklasse der Kunstschule in Breslau unter Robert Härtel und Christian Behrens. Ab den späten 1880er Jahren erhielt er erste größere Aufträge für Denkmäler. Nach seiner Mitarbeit 1893/94 im Atelier von Auguste Rodin in Paris führte er ein eigenes Atelier in Berlin. 1895 schuf er ein Kaiser-Wilhelm-Denkmal in Glatz.[2] Um 1900 wurde er durch seine Jugendstil-Bildhauerarbeiten, vor allem weibliche Akte, populär.
In der Kaiserzeit, wie auch später in der Zeit des Nationalsozialismus war er ein angesehener Künstler. Für die staatliche Majolika-Manufaktur in Karlsruhe schuf er einen Adolf-Hitler-Kopf in Majolika.1938 war Seger auf der Großen Deutschen Kunstausstellung im Münchner Haus der Deutschen Kunst mit drei Bronzeplastiken vertreten, darunter eine Ringwerferin.
Seine Grabstätte befindet sich auf dem Südwestkirchhof Stahnsdorf.