Thomas Gottschalk wurde als Sohn des Rechtsanwalts Hans Gottschalk (* 1902 in Oppeln/Oberschlesien; † 1964 in Kulmbach) in Bamberg geboren. Die Familie war aus Oberschlesien geflüchtet und wurde im fränkischen Kulmbach sesshaft. Gottschalk war Ministrant in der Kulmbacher Stadtpfarrkirche „Unserer Lieben Frau“. Er machte 1971 sein Abitur am humanistischen Markgraf-Georg-Friedrich-Gymnasium in Kulmbach. Nebenbei jobbte er als DJ in einem Kulmbacher Tanzlokal und erteilte Nachhilfeunterricht, außerdem arbeitete er als Kinder- und Jugendbetreuer der katholischen Kirche. Ein Stipendium der Deutschen Bischofskonferenz ermöglichte es ihm, Germanistik und Geschichte für das Grund- und Hauptschullehramt in München zu studieren. Dort trat er der katholischen Studentenverbindung Tuiskonia bei. Später war Gottschalk Mitglied im Bundesvorstand des Cartellverbands. Er leitete das Pressereferat dieses größten europäischen Akademikerverbandes.
1976 heiratete Gottschalk die vier Jahre ältere Thea, die er 1972 bei einer Münchner Faschingsparty kennen gelernt hatte. Damals war sie Mitarbeiterin einer Werbeagentur.[1] Mit ihr teilt er seine Vorliebe für einen auffallenden Kleidungsstil. 1982 wurde Sohn Roman geboren. 1989 adoptierten die Gottschalks Sohn Tristan.
Um seinen Kindern zu ermöglichen, ungestört von Medientrubel aufzuwachsen, zog Gottschalk zu Beginn der 1990er Jahre nach Malibu in Kalifornien. Dies ist heute sein Zweitwohnsitz, wohin er sich vor allem in den Sommerpausen zurückzieht. Aufgrund des Heimwehs von Thea Gottschalk bewohnt Gottschalk seit 2006 das Schloss Marienfels bei Remagen am Rhein.
Im Jahre 1993 wurden falsche „Enthüllungen“ einer Verbindung Gottschalks zu Scientology verbreitet. Sie beruhten im Wesentlichen auf einer fragwürdigen Berichterstattung des (Konkurrenz-)Senders SAT.1. Im Schweizer Thun lebt ein acht Jahre jüngerer Hauptschullehrer namens Thomas Gottschalk, der seit 1982 Mitglied bei Scientology ist; diese Namensgleichheit wurde – absichtlich oder unbeabsichtigt − für die Berichterstattung benutzt.[2]