Nach seinem Schulabschluss arbeitete Friedrich Nowottny von 1946 bis 1948 bei der britischen Besatzungsmacht in Bielefeld. Seine journalistische Karriere begann er 1948 als freier Mitarbeiter und Lokalreporter bei der Tageszeitung Freie Presse in Bielefeld. Bevor er 1953 ein Volontariat bei dieser Zeitung aufnahm, war er zwischenzeitlich in der Hauptverwaltung der Deutschen Eisenbahn-Versicherungskasse in Bielefeld beschäftigt. Nach dem Abschluss des Volontariats wurde er als Redakteur übernommen und wurde 1958 Ressortleiter.
1962 wechselte Nowottny zum Saarländischen Rundfunk und wurde Leiter der Abteilung des Fernsehens für Wirtschaft und Soziales. Die Fernsehsendung „Der Markt – Wirtschaft für jedermann“ machte ihn beim Fernsehpublikum bekannt. 1965 übernahm er bereits die Stelle des stellvertretenden Chefredakteurs.
Am 1. April 1967 wechselte Nowottny als stellvertretender Studioleiter zum WDR in das Fernsehstudio Bonn, das er ab dem 1. Februar 1973 leitete. Für die ARD moderierte er bis zum 7. Juni 1985 insgesamt 1000 mal die Sendung Bericht aus Bonn, die unter ihm zur Institution wurde. Außerdem war er Kommentator und Chefkorrespondent der ARD. Wegen seiner ironischen Berichterstattung und Schlagfertigkeit vor allem in Interviews mit Politikern gehörte er zu den beliebtesten Fernsehjournalisten und verhalf dem Politjournalismus zu höherer Popularität. Als legendär gilt ein Interview mit Willy Brandt mit langen Fragen und kurzen Ja-/Nein-Antworten. Berühmt wurde auch der häufig benutzte Einleitungssatz „Wissen Sie, Herr Nowottny...“ von Karl Schiller, Bundeswirtschaftsminister, bei Antworten auf Interviewfragen.
Am 14. Juni 1985 stieg Nowottny zum Intendanten des WDR auf. Als einer der größten Erfolge seiner Tätigkeit als Intendant gilt die Einführung des WDR-Vollprogramms im Jahre 1994. In seine Amtszeit fielen weiterhin der Start der Weekly Soap „Lindenstraße“, die Einführung des ARD-Frühstücksfernsehens und der Radioprogramme Eins Live sowie WDR Radio 5. 1991 und 1992 führte Nowottny die ARD als Vorsitzender an. In seiner Amtszeit managte er die Aufnahme der ostdeutschen Rundfunkanstalten in die ARD sowie die Fusion des Deutschlandfunks und RIAS Berlin zum DeutschlandRadio. Den WDR-Chefposten übergab Nowottny am 30. Juni 1995 an Fritz Pleitgen und ging in den Ruhestand.
Lange hielt es ihn dort allerdings nicht. Noch heute erscheint Friedrich Nowottny gelegentlich auf dem Bildschirm wie z. B. als Kommentator der Bundestagswahl 2002 für RTL aktuell und der Bundestagswahl 2005 für Phoenix. 2007 gab er sein Debüt als Talkshow-Moderator, als er eine Schwangerschaftsvertretung für Sandra Maischberger übernahm. [1]
Er arbeitet wieder als freier Journalist, hält Vorträge, schreibt für eine Zeitungskolumne im Kölner Express und kommentiert regelmäßig das politische Geschehen im Nordwestradio. Er gehört dem zwölfköpfigen Kuratorium der Heinz-Kühn-Stiftung an, die Stipendien an junge Journalisten vergibt. Nowottny wohnt in Swisttal-Buschhoven bei Bonn.