Rudolf Jaenisch (* 22. April 1942 in Wölfelsgrund, Landkreis Habelschwerdt, Niederschlesien) ist ein deutscher Molekularbiologe und Genetiker, der sich vor allem um die Entwicklung des Mausmodells als Modell zur Erforschung menschlicher Erkrankungen verdient gemacht hat.

Rudolf Jaenisch studierte an der Universität in München Medizin und schloss das Studium mit seiner Promotion 1967 ab. Danach arbeitete er als Postdoktorand am Max-Planck-Institut für Biochemie in München und ging anschließend an die Princeton University. Dort blieb er bis 1972, danach arbeitete er als Assistenzprofessor am Salk Institute in La Jolla in Kalifornien bis 1977. In dem Jahr kehrte er nach Deutschland zurück und leitete bis 1984 die Abteilung für Tumorvirologie des Heinrich-Pette-Institut für Experimentelle Virologie und Immunologie an der Universität Hamburg. 1984 folgte er einem Ruf an das Whitehead-Institut für biomedizinische Forschung und das Massachusetts Institute of Technology