Schotts Eltern waren Bernhard Schott, evangelischer Pfarrer in Geischen, und seine Frau Elisabeth geb. v. Bethe. Erdmann Schott ist der ältere Bruder des Vaters. Der Eichenlaubträger Wilhelm Rudolf von Salisch ist ein Onkel. Christian-Erdmann besuchte das altsprachliche Burggymnasium in Oppeln. Die Flucht und Vertreibung Deutscher aus Mittel- und Osteuropa 1945–1950 verschlug die Familie nach Thüringen.
Im April 1945 kam er als Quintaner für einige Monate nach Leutenberg. Im Rahmen der Kinderlandverschickung hatte das humanistische, stark katholisch geprägte Staatliche Freiherr von Reichenau-Gymnasium Düsseldorf seine Schüler in dortigen Gasthöfen untergebracht. Schott wechselte zur Freien Internatsschule Wickersdorf und Anfang 1946 nach Schulpforta. Dort schloss er sich der Freien Deutschen Jugend an. Als sein Vater eine Pfarrstelle in Magdeburg übernehmen konnte, kam Schott auf das Domgymnasium Magdeburg. Bei der antikirchlichen Willkür der Sozialistischen Einheitspartei Deutschlands verließ er die FDJ. Er entschloss sich zum Studium der Theologie und organisierte Andachten vor dem Unterricht. Nach Gründung der DDR im Oktober 1949 begannen die politischen Säuberungen traditionsreicher Schulen. Als Klassensprecher wurde er mit 12 Mitschülern im Frühjahr 1950 von der Schule verwiesen. Die Kirchenprovinz Sachsen ermöglichte ihm die Aufnahme in das Gymnasium Steglitz. Getrennt von der Familie, bestand er dort im Juni 1951 die Reifeprüfung.
Der Berliner Senat finanzierte ihm und anderen Studenten aus der DDR ein Studium an der Kirchlichen Hochschule Berlin-Zehlendorf. Mit einem Stipendium der Studienstiftung des deutschen Volkes wechselte er zum Sommersemester 1954 an die Georg-August-Universität Göttingen. Vom Sommersemester 1955 bis zum Wintersemester 1956/57 war er im Corps Saxonia Göttingen aktiv. Mit einem Stipendium des Weltkirchenrates verbrachte er ein Semester am Ökumenischen Institut Bossey bei Genf. Im Juli 1957 legte er in Göttingen das Erste Theologische Examen ab.
Da die DDR keine Theologen aufnahm, konnte er als Vikar nicht in die Kirchenprovinz Sachsen zurückkehren. Die Evangelische Kirche in Hessen und Nassau übernahm ihn treuhänderisch für die Partnerkirche Kirchenprovinz Sachsen in den Vorbereitungsdienst. Die Stationen des am 1. Januar 1960 angetretenen Vikariats waren eine Schule, die Predigerseminare in Friedberg (Hessen) und Herborn sowie ein Gemeindepraktikum in Königstein im Taunus. Im September 1961 absolvierte Schott in Herborn und Darmstadt das Zweite Theologische Examen.
Da die Berliner Mauer eine Rückkehr in die DDR vollends unmöglich machte, blieb Schott im hessen-nassauischen Kirchendienst. Bei Martin Schmidt begann er eine neue Doktorarbeit. Zugleich verwaltete er die Pfarrstelle Eibelshausen, wo er im Mai 1962 ordiniert wurde. Es folgten die Kirchengemeinden Wiesbaden-Erbenheim und Mainz-Gonsenheim. 1965 promovierte er in Mainz zum Dr. theol.Von 1984 bis 2006 war er Bundespfarrer der Johanniter-Unfall-Hilfe. Als Gonsenheimer Pfarrer wurde er 1997 emeritiert.
1967 heiratete er Barbara Hofmann, eine Tochter des Magdeburger Konsistorialpräsidenten Bernhard Hofmann. Aus der Ehe gingen zwei Töchter und ein Sohn hervor.