Während seiner Kindheit wurde Kratzert und seine Familie mehrfach vertrieben, zuerst von der SS aus Nysa, später von den tschechoslowakischen Behörden. Er wuchs nach der Ausweisung aus der Tschechoslowakei und der Scheidung seiner Eltern mit seinen drei Geschwistern bei seiner Mutter in der Altmark auf.
Während seiner Schulzeit wirkte Kratzert als Darsteller in Bühnenaufführungen von William Shakespeare, Bertolt Brecht und Wladimir Wladimirowitsch Majakowski mit.
Nach dem Abitur auf der Internatsoberschule Beetzendorf bewarb er sich an der Filmhochschule Potsdam, wurde aber auf Grund seines Alters abgelehnt. Daraufhin leistete er seinen Grundwehrdienst in der NVA der DDR. Im Jahr 1960 bewarb er sich erneut an der Filmhochschule in Potsdam und begann dort mit einem Studium im Fachbereich Regie. Im Jahr 1964 erhielt er sein Diplom mit dem Film Abenteurer und arbeitete danach bei Kurt Maetzig als Regieassistent.
Sein erster Spielfilm wurde 1968 nach einer Geschichte von Franz Wysbar der Kriminalfilm Mord am Sonntag. Nach diesem Film wurde Kratzert von den Dramaturginnen Gudrun Deubener und Inge Wüste der Künstlerischen Arbeitsgruppe „Kinder- und Jugendfilm“ des DEFA-Studios für Spielfilme gefragt, ob er Kinderfilme drehen würde. Kratzert sagte zu und wurde bald zu einem der erfolgreichsten Kinderfilmregisseure der DEFA. Zunächst drehte er für Erwachsene Indianerfilme und einen Film über das Leben nach dem Zweiten Weltkrieg. Von 1974 bis 1989 konzentrierte sich Kratzert vorwiegend auf Kinderfilme. Sein letzter Film wurde Der Drache Daniel, welcher 1989 in Wusterhausen/Dosse realisiert wurde.
Mit der Abwicklung der DEFA wurde Kratzert gekündigt. Zunächst arbeitslos, stellte er für verschiedene kleine Filmfirmen Dokumentar- und Videofilme her. Später erstellte er für den Verein Pro Brandenburg Videoreportagen über die Region.
Kratzert veröffentlichte mehrere Schriften zum Thema Kinderfilm und gehörte der Arbeitsgruppe Kinderfilm in der Sektion Spielfilm des Verbandes der Film- und Fernsehschaffenden der DDR an.
Hans Kratzert ist verheiratet und lebt in Falkensee.