Nach der Vertreibung nach dem Zweiten Weltkrieg begann er eine Schlosserlehre bei Blohm & Voss in Hamburg, die er mit Auszeichnung abschloss, trat dann in den Orden der Pallottiner (SAC) ein und studierte Theologie und Philosophie, nachdem er das Abitur bestanden und Latinum, Graecum und Hebraicum erworben hatte. Seine Dissertation "Die Knechtsgleichnisse der synoptischen Evangelien" wurde zur besten ihres Jahrganges gekürt. Nach der Promotion war Pater Alfons Weiser bis zu seiner Emeritierung Professor für neutestamentliche Exegese an der Philosophisch-Theologischen Hochschule der Pallottiner in Vallendar. Weiser ist Mitglied der KDB Franco-Borussia zu Würzburg im RKDB.