Schaffgotsch entstammte einem der reichsten und bekanntesten Adelsgeschlechter Schlesiens. Sein Vater war Christoph Schaffgotsch, Reichsfreiherr von Kynast und Greiffenstein, der mit seiner zweiten Frau Eleonore von Promnitz sechs Kinder zeugte. Hans Ulrich war das jüngste Kind. Schaffgotsch hatte mit seiner Frau Barbara Agnes (* 24. Februar 1593 in Ohlau; † 24. Juli 1631), einer Tochter des Brieger Herzogs Joachim Friedrich, welche er am 18. Oktober 1620 heiratete, sieben Kinder. Er vereinigte den Stammbesitz seines Vaters, die Herrschaften Kynast und Greiffenstein, mit der von dessen Vetter erworbenen Herrschaft Trachenberg und Besitzungen seiner kinderlosen Onkel, Alt Kemnitz, Hertwigswalde, Prausnitz und Schmiedeberg. Der Protestant kämpfte bis zur Niederlage am Weißen Berg auf der Seite der Protestantischen Union.
Freiherr Schaffgotsch diente, nachdem Ferdinand. wieder Landesherr in Schlesien geworden war, als General im kaiserlichen Heer unter Wallenstein.
1627 wurde Schaffgotsch von Kaiser Ferdinand II. der Titel Semperfrei (Ritterbürtige) mit allen Rechten der schlesischen Fürsten verliehen.
In unmittelbarer zeitlicher Nähe zur Ermordung Wallensteins fiel Schaffgotsch bei Ferdinand II. in Ungnade. Dies ist zurückzuführen auf die enge, persönliche Bindung an den Generalissimus, manifestiert in den Pilsener Schlüssen vom 12. Januar und 19. Februar 1634. Der erste Pilsener Schluss war ein von Wallenstein durch Inaussichtstellung seines Rücktritts initiiertes Treuegelöbnis „bis zum Tode“ seiner Offiziere ihm gegenüber, der zweite eine halbherzige Relativierung, die jedoch den Verdacht des Hochverrats gegen den Kaiser nicht mehr entschärfen konnte.
Schaffgotsch wurde am 24. Februar 1634, einen Tag vor Wallensteins Tod, in Ohlau durch den kaiserlichen Obristen des Feldmarschalls und Grafen Colloredo gefangen genommen. Anschließend wurde er über Glaß nach Budweis in Böhmen und dann nach Wien gebracht um dort verhört zu werden. Nach Regensburg überstellt erfolgte die Anklage wegen Hochverrats. Trotz tagelanger und wiederholter Folter legte er kein (erzwungenes) Geständnis der Kollaboration ab. Entgegen den damaligen Gepflogenheiten, die für diesen Fall die Freilassung des Gefolterten vorsah, wurde Hans Ulrich Schaffgotsch dennoch zum Tode verurteilt. Das am 5. Juli 1635 abgefasste Todesurteil wurde zwar im Namen des Kaisers ausgefertigt, aber nicht von ihm selbst unterschrieben. 18 Tage danach wurde er auf dem Regensburger Haidplatz enthauptet.
Für die Hinrichtung ließ er sämtliche
Samtvorräte der Stadt aufkaufen und das
Hinrichtungspodest damit verkleiden.
Außerdem erkaufte er sich beim Regensburger
Henker mit dem für die damalige Zeit
außerordentlich hohen Geldbetrag von drei
Dukaten das Recht, im Freien, auf einem
Stuhl sitzend geköpft zu werden.
Am Tag der Hinrichtung, morgens um acht Uhr,
wurde er in einer elenden Gutschn auf
den Richtplatz verbracht, nahm mit einem
Schemel auf dem Blutgerüst Platz und
drückte seinen Hut fest auf den Kopf. Sein
Diener band ihm die Haare mit einem weißen
Tuch hinauf und nahm ihm den
Halskragen ab. Mit wuchtigem Hieb
trennte der Scharfrichter den Kopf vom
Rumpf, aus dem das Blut wie aus einem
Springbrunnen in die Höhe schoss.
Schaffgotsch hatte sich so fest auf den
Schemel gesetzt, dass er selbst nach der
Enthauptung noch sitzen blieb. Sein Diener
Konstantin warf dann den Körper samt dem
Schemel zu Boden. Als dieses geschehen war,
nahm er den Kopf mit dem darauf sitzen
gebliebenen Hut und wickelte ihn mit dem
Körper in das auf dem Boden liegende,
bluttriefende Tuch. Die übrigen Diener des
Freiherrn legten den Leichnam in den
bereitgestellten Sarg aus
Lindenholz, welcher mit einem
Schaufenster ausgestattet war. Im
nahegelegenen Gasthof „Zum Blauen Krebs“ in
der Krebsgasse 6 wurde er zwei Tage lang zur
Schau gestellt. Schaffgotsch hatte
ausdrücklich befohlen, das Blut an seinem
Körper nicht abzuwaschen und den Kopf nicht
anzunähen.
Das bei der Enthauptung gebrauchte neue Richtschwert verkaufte der Scharfrichter an den Offizier Albrecht Freiberg aus dem ehemaligen Regiment Schaffgotsch. Der Henker versprach ihm angeblich, sein schauriges Gewerbe nun aufzugeben, da er bereits hundert Köpfe abgehauen habe. Doch scheint er nicht Wort gehalten zu haben, denn fünf Jahre später, als ihm bei der Enthauptung einer Kindsmörderin der Streich misslang, wurde er von der aufgebrachten Volksmenge erschlagen.
Am 25. Juli 1635, abends 11 Uhr, wurde Schaffgotsch bei Fackelschein in einer Gruft im kleinen Friedhof der Dreieinigkeitskirche (Regensburg), so wie er es befohlen hatte, ohne größere Zeremonie bestattet. Sein Wunsch, in seine schlesische Heimat nach Greiffenberg überführt und dort bestattet zu werden, ging nicht in Erfüllung.
Vor dem Zweiten Weltkrieg ließen Familienangehörige, die um eine offizielle Rehabilitierung ihres Vorfahren bemüht waren, die sterblichen Überreste exhumieren und den Schädel zum Zwecke einer eindeutigen Identifizierung an einen Spezialisten für forensische Gesichtsrekonstruktion nach Amerika senden. Das Gutachten fiel positiv aus, der Schädel wurde zurückgeschickt. Durch die Wirren des inzwischen ausgebrochenen Krieges jedoch schien das Interesse der Verwandtschaft anderen Sorgen gewichen zu sein, der auf dem Postwege beschädigte Schädel landete für Jahre auf einem Schrank in der Sakristei der Dreieinigkeitskirche. Ein Mesner ergriff schließlich die Initiative, baute für die Knochenreste eine Holzkiste und deponierte sie in einem gruftähnlichen Kellerraum unter der Kirche, einstmals einem Haus zugehörig, das dort vor dem Kirchenbau 1627 gestanden hatte. Dort lag der Schädel bis Anfang der 1990er Jahre. An der Mauer der Kirche zum Friedhof hin befindet sich seit jüngster Zeit eine Gedenkplakette. Der Schädel aber ist heute verschwunden.
Schaffgotsch hinterließ eine Tochter und vier Söhne, diese verloren die Stammherrschaft Trachenberg und erhielten erst nach ihrem Übertritt zum Katholizismus (1636) die Güter am Riesengebirge 1641 und 1650 zurück. Bereits am 11. März 1634 erschien der Landeshauptmann der Fürstenthümer Schweidnitz und Jauer, Georg Ludwig Reichsgraf von Starhemberg, und konfiszierte im Namen des Kaisers die bis dahin von dem General Freiherrn Johann Ulrich v. Schaffgotsch besessenen Herrschaften.