Werner Jacob Sander entstammte einer jüdischen Familie in Breslau. Musikalisch vorgebildet wurde er im Synagogenchor. Später nahm er ein Musikstudium am Breslauer Konservatorium auf. Er wurde danach als privater Musiklehrer tätig, dirigierte aber auch mehrere Chöre.
Nach der Machtergreifung durch die NSDAP wurde er mit einem Berufsverbot belegt. In der Folgezeit durfte er nur noch den Chor des Breslauer Jüdischen Kulturbundes leiten. Auch als Lehrer an jüdischen Schulen durfte er noch weiter wirken. Als auch die jüdischen Schulen verboten wurden, musste Sander 1943 in den Lagern von Kurzbach und Grünthal - beides Außenlager des Konzentrationslagers Groß-Rosen, Zwangsarbeit verrichten. In den KZ von Theresienstadt und Auschwitz kamen seine Eltern ums Leben.
Als die NS-Herrschaft beseitigt war, kam er im November 1945 nach Thüringen, wo er in Meiningen als Musiklehrer an einer Schule arbeitete. Außerdem leitete er die Meininger Chorgemeinschaft. Im Jahre 1950 wurde er zum Kantor an die Israelitische Religionsgemeinde in Leipzig berufen. Hier dirigierte er den Synagogenchor. Für Nichtreligiöse und des Hebräischen Unkundige gab er Texte für den Sabbat und die jüdischen Feste in phonetischer Schrift und deutscher Übersetzung heraus. Seit 1954 wirkte Werner Sander zusätzlich als Kantor in Dresden[1] und wurde 1962 zum „Oberkantor“ berufen. Ursprünglich 1951 als Kammerchor geschaffen, ging daraus 1962 der von ihm dirigierte Leipziger Oratorienchor hervor, der dann als Leipziger Synagogalchor Beachtung erfuhr. Seitdem lebte Sander in Leipzig als Kantor und Religionslehrer. Bei der Gestaltung der Sabbatfeiern unterstützte ihn der Gemeindeleiter Eugen Gollomb, der nach Sanders Tod Vorbeter der Leipziger jüdischen Gemeinde wurde, und der Berliner Kantor Leo Roth.[2] Zahlreiche Aufführungen Sanders sind der Nachwelt durch Aufnahmen erhalten, darunter einige mit Leo Roth.
Werner Sander schloss sich der Vereinigung der Verfolgten des Naziregimes an. Besonders hervor trat Sander, als er zusammen mit den Geistlichen Bruno Theek (evangelisch), Karl Fischer (katholisch) und Ernst Lewek (evangelisch) einen Aufruf "An alle, die Gott vertrauen!“ unterzeichnete, in dem diese Geistlichen zum Widerstand gegen die Wiederbewaffnung Westdeutschlands und die damit verbundene Vertiefung der Spaltung Deutschlands aufriefen.