Bartoschek wurde in Czuchow geboren, das 1922 zu Polen kam. Er begann 1914 eine Lehre als Dekorationsmaler in Czerwionka, dort erhielt er auch Mal- und Zeichenunterricht bei dem akademischen Maler Gotschlich. Erste Arbeiten werden 1919 in einer Kollektivausstellung in Hindenburg gezeigt.
1920 begann er sein Studium mit dem Vorkurs bei Johannes Itten am Bauhaus[1] in Weimar. Klee und Kandinsky waren weitere Meister im Studium. Wegen der politisch unruhigen Lage im Grenzgebiet Polen/Oberschlesien verließ er Weimar und ging 1921 zum Studium an die Staatliche Akademie für Kunst und Kunstgewerbe in Breslau. Er wurde Meisterschüler bei Otto Mueller, einem Mitglied der Künstlergruppe „Die Brücke“, und Oskar Moll. Ab 1925 Jahren lebte Bartoschek als freischaffender Maler in Breslau, hatte Einzelausstellungen und beteiligte sich an Ausstellungen. Eigentlich war er schon über die expressionistische Periode hinaus, doch eine Anlehnung an den Expressionismus macht sich in mehreren Bildern seiner frühen Schaffensperioden bemerkbar. Bartoschek arbeitete im gemeinsamen Atelier mit Alexander Camaro. 1930 heiratete Bartoschek Elsa Lichter.
1937 zog Bartoschek permanent nach Berlin. Er hatte dort ein florierendes Atelier in der Nähe des Tiergartens. Den für seine Existenz als Maler nötigen wirtschaftlichen Erfolg hatte er mit impressionistischen und naturalistischen Gemälden, vorwiegend stellte er Motive aus der märkischen Umgebung dar. Sie fanden in den Galerien von Sarcander und Kallide in der Passage der Friedrichstraße ihre Käufer. So konnte Emil Bartoschek – vor den Augen der Öffentlichkeit geschützt – an Bildern arbeiten, die ihm in dieser Zeit als „entartete Kunst“ Berufsverbot eingetragen hätten, wären sie publik geworden. 1939 erwarb Emil Bartoschek ein Grundstück in Groß-Schönebeck in der Schorfheide, wo er ein Wochenendhaus baute, um ungestört arbeiten zu können.
1942 wurde sein Berliner Atelier und ein großer Teil seines Werks durch Fliegerbomben zerstört. Daraufhin zog er sich in sein Haus in der Schorfheide zurück. 1945 musste er mit nur wenigen geretteten Malerutensilien vor der nahenden Russischen Armee zu Bekannten nach Grevenbrück flüchten. Nahezu sein gesamtes Frühwerk, eingelagert in einem Berliner Bunker, wurde bei den Kampfhandlungen zerstört.
In Grevenbrück ist unter seinen Malschülern auch Hildegard Grunert (* 1920 in Soldin/Mark Brandenburg, heute Mysliborz, Polen; † 2013 in Waldbrunn (Westerwald)), die seine zweite Frau werden wird. 1947 wird er Mitglied in der Künstlervereinigung Hagenring in Hagen. In mehreren Ausstellungen werden seine Bilder gezeigt. 1949 erfolgte die Trennung von seiner ersten Frau. Bartoschek zog mit Hildegard Grunert, die ein Studium der Keramik und Dekorativen Malerei an den Kölner Werkkunstschulen beginnt, 1951 nach Köln. Hier wendete er sich wieder der modernen Malerei zu. Es entstehen u. a. impressionistische, abstrakte, expressionistische und auch surrealistische Ölgemälde, Zeichnungen, Aquarelle, Temperabilder, Kohle-, Kreide-, Graphitzeichnungen, die in Einzel- und Gruppenausstellungen gezeigt wurden. Kölner Galeristen verkaufen seine Werke gut, doch an die Erfolge in Berlin kann Bartoschek nicht mehr anknüpfen. Hildegard Grunert eröffnet im Anschluss an ihre Ausbildung eine Keramikwerkstatt. Sie heiraten 1965, verlassen Köln, um in Waldbrunn (Westerwald), fernab vom Trubel der Großstadt, zurückgezogen und ungestört ihrer Kunst zu leben. Doch schon nach wenigen Jahren, 1969, starb Emil Bartoschek kurz vor seinem 70. Geburtstag. Er hinterließ ein umfangreiches Spätwerk.