Johannes Wilda war der Sohn des Juristen Wilhelm Eduard Wilda. Die Familie lebte ab 1854 in Kiel; Johannes Wilda besuchte das Gymnasium in Kiel, Plön und Meldorf. Nach dem Abitur strebte er eine Laufbahn als Marineoffizier an. Nachdem er als Fähnrich u. a. an mehreren überseeischen Expeditionen sowie am Deutsch-Französischen Krieg teilgenommen hatte, musste er jedoch wegen eines Hörschadens seinen Abschied nehmen.
Johannes Wilda absolvierte nunmehr ein Studium der Chemie am Polytechnikum in Darmstadt, wo er auch Vorlesungen bei dem Literaturwissenschaftler Otto Roquette hörte. Wilda arbeitete anschließend als Chemiker und als Privatlehrer; seine Berufstätigkeit führte ihn u. a. nach Italien und in die Schweiz. Später war er journalistisch tätig und gehörte den Redaktionen verschiedener Presseorgane an (u. a. in Fürth, Nürnberg, Neumünster und Leipzig. Von 1893 bis 1897 war er leitender Redakteur des Literaturteils der "Illustrierten Frauenzeitung". Seine engen Beziehungen zur Kaiserlichen Marine ermöglichten ihm die Teilnahme an mehreren Weltreisen auf den Schiffen "Meteor" und "Möwe". Nachdem er zwischenzeitlich in Wernigerode und Övelgönne gelebt hatte, ließ er sich 1903 in Lübeck nieder. Während des Ersten Weltkriegs war Wilda Chefredakteur der "Schleswiger Nachrichten".
Johannes Wilda veröffentlichte neben seinen journalistischen Arbeiten auch Reiseberichte über seine ausgedehnten Reisen zu Wasser und zu Lande sowie Romane und Erzählungen, die vorwiegend die Seefahrt zum Thema haben.