Peter Mertens studierte Wirtschaftsingenieurwesen an der TH Darmstadt (1956-1960) und promovierte dort 1961 zum Dr. rer. pol.[1] Danach arbeitete er an der Technischen Universität München, der Johannes-Kepler-Universität Linz sowie am Massachusetts Institute of Technology (MIT). 1966 legte Mertens an der TU München die erste Habilitationsschrift im deutschsprachigen Raum zum Themenkreis der Wirtschaftsinformatik vor: „Die zwischenbetriebliche Kooperation und Integration bei der automatisierten Datenverarbeitung“.
1968 übernahm Peter Mertens den ersten auf betriebliche Datenverarbeitung ausgerichteten Lehrstuhl im deutschsprachigen Raum, die Lehrkanzel III für Betriebswirtschaftslehre an der Johannes-Kepler-Universität Linz.
Bis September 2005 war Peter Mertens Inhaber des Lehrstuhls für Betriebswirtschaftslehre, insbesondere Wirtschaftsinformatik I an der Wirtschafts- und Sozialwissenschaftlichen Fakultät der Universität Erlangen-Nürnberg. Zugleich war er Leiter der Informatik-Forschungsgruppe "Betriebliche Anwendungen" an der Technischen Fakultät.
Mertens ist Autor zahlreicher Bücher. Darunter befinden sich 23 Monografien, die er allein oder als federführender Koautor verfasst hat. Ebenso war er an der Erstellung von 28 Sammelwerken beteiligt. Der Band 1 seiner Monographie "Integrierte Informationsverarbeitung" ist in 17 Auflagen erschienen. Bücher von ihm sind ins Englische, Chinesische, Italienische und Russische übersetzt worden. Weiterhin hat er über 200 Zeitschriftenartikel, über 100 kleinere Beiträge und mehr als 250 Beiträge zu Sammelwerken verfasst.
Er ist Fellow der Gesellschaft für Informatik, Ehrenmitglied des Verbandes der Hochschullehrer für Betriebswirtschaft und Ehrendoktor von fünf Universitäten in Deutschland, Österreich und der Schweiz (Universität Augsburg, WHU, TU Darmstadt, WU Wien und Universität Bern). Er ist Träger des Bundesverdienstkreuzes und des Ehrenrings der Wirtschaftsuniversität Wien.