Bernhard Mende trat 1958 in die Luftwaffe ein und absolvierte bis 1960 seine Grundausbildung, Offizierausbildung und die Ausbildung zum Flugabwehrraketenoffizier. Bis 1961 wurde er an der Raketenschule der Luftwaffe in Fort Bliss, Texas, am Raketensystem Nike ausgebildet. Anschließend war Mende bis 1966 beim Flugabwehrraketenbataillon (FlaRakBtl) 24 in Oldenburg/Delmenhorst eingesetzt. Von 1966 bis 1968 absolvierte er, mittlerweile zum Hauptmann befördert, zunächst eine erneute Ausbildung in Fort Bliss, bevor er als Batteriechef zum FlaRakBtl 37 nach Aurich versetzt wurde.
Danach nahm er am 13. Generalstabslehrgang der Luftwaffe teil. Anschließend war Major Mende bis 1973 Generalstabsoffizier im Kommando der 4. Luftwaffendivision in Aurich. Bis 1975 war er als Oberstleutnant Chief SAM Operations im Hauptquartier der 2. Allied Tactical Air Force (ATAF) in Mönchengladbach, dem im Kalten Krieg die Luftverteidigung des norddeutschen Luftraumes oblag. Im Anschluss war er Adjutant beim Stellvertreter des Generalinspekteurs im Bundesministerium der Verteidigung, bevor er 1977 als Kommandeur zum FlaRakBtl 21 nach Möhnesee abkommandiert wurde. Nach seiner Beförderung zum Oberst war Mende von 1980 bis 1983 Chef des Stabes und stellvertretender Kommandeur beim Kommando 2. Luftwaffendivision in Birkenfeld. Bis 1986 ging er als Stabsoffizier für Luftverteidigungsangelegenheiten ins NATO-Hauptquartier nach Brüssel. Bis 1989 war er unter anderem Referatsleiter und Stabsabteilungsleiter im Bundesministerium, bevor er als Generalmajor das Kommando 2. Luftwaffendivision kommandierte. Von Oktober 1990 bis 1991 war er Kommandeur des Kommandos Luftstreitkräfte Vorbereitungsstab 5. Luftwaffendivision in Strausberg im Osten von Berlin, bevor er schließlich zum Kommandeur der Division ernannt wurde. Im selben Jahr wurde er Stellvertreter des Inspekteurs der Luftwaffe.
Am 1. Oktober 1994 wurde Generalleutnant Bernhard Mende vom damaligen Bundesverteidigungsminister Volker Rühe zum 10. Inspekteur der Luftwaffe ernannt. Diese Position nahm er bis zum 30. September 1997 wahr. Bis heute ist er der einzige Nichtpilot, der je an der Spitze der deutschen Luftwaffe stand.