Otto Jaekel studierte in Liegnitz Geologie und Paläontologie. Nach seinem Abschluss 1883 wechselte er an die Universität Breslau und studierte bis 1885 bei Ferdinand Roemer. An der Universität München promovierte er bei 1886 bei Karl von Zittel. Er war von 1887 bis 1889 Assistent von Ernst Wilhelm Benecke am Geologisch-Paläontologischen Institut der Universität Straßburg und ab 1894 außerordentlicher Professor in Berlin sowie Kustos des Geologisch-Paläontologischen Museums. 1903 wechselte er zur Universität Wien. Von 1906 bis 1928 war er außerordentlicher Professor an der Universität Greifswald [1]. Nach seiner Emeritierung in Greifswald nahm Otto Jaekel 1928 einen Lehrauftrag der Sun-Yat-sen-Universität in Kanton an. Er verstarb nach plötzlicher, kurzer Krankheit im Deutschen Hospital in Peking [2].
Die Paläontologische Gesellschaft wurde 1912 auf Jaekels Initiative gegründet.
Sein primäres Arbeitsgebiet waren die fossilen Vertebrata. 27 seiner Publikationen behandelten die Echinodermata.
Jaekel war Mitglied der Corps Lusatia Breslau (1883) und Guestfalia Greifswald (1922 IdC).[3]