Stowasser war Mittelschullehrer in Freistadt und Wien. Zu seinen Veröffentlichungen zählen ein lateinisch-deutsches Wörterbuch („Der Stowasser“, 1894), in oberösterreichischen Dialekt übersetzte griechische Epigramme und ins Griechische („Griechische Schnadahüpfeln“, 1903) übersetzte oberösterreichische „Gstanzln“. Der „Stowasser“ errang als weit verbreitetes Schulwörterbuch den Status eines Klassikers. Es erschien in zahlreichen Auflagen. Lange Zeit waren dabei noch die deutschen Wörter in Fraktur geschrieben, um sie von den lateinischen in Antiqua geschriebenen Wörtern deutlicher abzuheben.
Besondere Verbreitung als Schulwörterbuch fand der nach dem Tod Stowassers von Michael Petschenig bearbeitete „Kleine Stowasser“. Eine völlig neu bearbeitete Ausgabe erschien zum hundertjährigen Bestehen 1994 mit einem Umschlag von Friedensreich Hundertwasser, einem Nachfahren Joseph Maria Stowassers. Angelehnt an das im Namen Stowasser enthaltene Zahlwort „hundert“ (russ. сто [sto]), entwarf Hundertwasser 100 verschiedene Umschläge, basierend auf vier Grundfarben für den Einband (Rot, Gelb, Blau und Grün) und farblich variiertem Titelbild.