Magnus verbrachte sein ganzes Leben in Breslau. Nach dem Medizinstudium und der Promotion 1867 wandte er sich der Ophthalmologie zu. Er habilitierte sich 1873 und war zehn Jahre Privatdozent. 1883 wurde er als Extraordinarius berufen. Später wurde er zum Geh. Medizinalrat ernannt.
Er befasste sich intensiv mit der Farbwahrnehmung und der Farbenblindheit und schrieb ein zweibändiges Lehrbuch über Augenverletzungen.
Immer mehr widmete er sich der Geschichte der Medizin und pflegte er die Zusammenarbeit mit Karl Sudhoff, dem damals bedeutendsten Medizinhistoriker.
Seit 1869 war Magnus Corpsschleifenträger der Lusatia Breslau.[