Abraham Gottlob Werner (* 25. September 1749 in Wehrau (heute Osiecznica) am Queis in der Oberlausitz; † 30. Juni 1817 in Dresden) war ein deutscher Mineraloge und gilt als der Begründer der Geognosie.
Werner wurde als Sohn des Gräflich-Solmsschen Eisenhüttenwerksinspektors zu Wehrau und Lorzendorf (Lorenzdorf, heute: Ławszowa), Abraham David Werner, geboren und bereits 1764 als Hüttenschreiber und Gehilfe bei seinem Vater angestellt. Er begab sich 1769 an die Freiberger Bergakademie. Seit 1771 weilte er an der Universität Leipzig, wo er Rechtswissenschaften und später Naturwissenschaften studierte und zeitweise Schüler von Johann Carl Gehler war.
Im Jahr 1775 berief ihn Carl Eugenius Pabst von Ohain als Inspektor und Lehrer der Mineralogie zurück an die Bergakademie in Freiberg, wo er, später in der Position eines Professors, bis zu seinem Tode blieb. Werner zog Studenten aus ganz Europa und sogar aus Amerika an. Unter Werners Schülern finden sich berühmte Namen wie Alexander von Humboldt, Franz von Baader, Leopold von Buch, Friedrich Mohs, Jean François d’Aubuisson de Voisins und Robert Jameson. Er entwickelte die Mineralogie als ein von der Bergbaukunde getrenntes Fachgebiet und hielt erstmals Vorträge über die Geognosie als Wissenschaft von den physischen und mineralogischen Beschaffenheit der Erde insgesamt; er machte damit die Erdbeobachtung zur Erfahrungswissenschaft.
Werner entwickelte auch eine der ersten systematischen Mineral-Klassifikationen, die heute allerdings nicht mehr in Gebrauch ist; seine Kennzeichenlehre und die Mineralbeschreibungen gelten jedoch als klassisch.
Werner war nach Untersuchungen am Scheibenberg 1787/88 zu der Ansicht gelangt, dass der Ursprung der Bildung von Mineralen und der Veränderung der Erdoberfläche im Wasser zu suchen sei und begründete damit den so genannten Neptunismus: Alle Gesteine entstanden demnach hintereinander in einem durch die Sintflut geschaffenen Ozean; erst wurden magmatische, dann metamorphe Gesteine, darauf Sedimentgesteine und schließlich Oberflächensedimente abgelagert. Im Gegensatz zu dieser These stand der unter anderem von James Hutton vertretene Plutonismus, der sich letztlich durchsetzte.
Werner erhielt 1791 vom Oberbergamt den Auftrag zur Durchführung der von ihm lange geforderten Geognostischen Landesuntersuchung. Ab 1816 assistierte dem kränkelnden Prof. Werner dabei Carl Amandus Kühn, der die Arbeiten nach dessen Tode fortsetzte.
Im Jahr 1851 wurde Abraham Gottlob Werner in den Promenaden zu Freiberg ein von Prof. Johann Eduard Heuchler entworfenes Denkmal errichtet. Die mineralogische Gesellschaft zu Dresden setzte ihm 1848 ein Denkmal neben dem Neuen Annenfriedhof in Löbtau und benannte die Wernerstraße in Löbtau nach ihm.
Werner blieb unverheiratet und hatte keine Nachkommen.