Bartos-Höppner wuchs in Schlesien auf. Nach dem Schulabschluss arbeitete sie im elterlichen Hotel in Reichenbach/O.L. bei Görlitz. Am Ende des Zweiten Weltkrieges musste sie ihre Heimat verlassen und kam zunächst nach Tostedt in der Lüneburger Heide, später nach Hamburg und Buxtehude. Zunächst schrieb sie Erlebnisse aus der Kriegszeit und Erinnerungen an ihre schlesische Heimat nieder. 1956 erschienen ihre erste Erzählungen Wir wollen Freundschaft schließen, Nina und Die Töchter des Königsbauern.
Es folgten eine Reihe von historischen Romanen, die vor allem im asiatischen Raum angesiedelt waren (Kosaken gegen Kutschum-Khan u.a.). Sehr erfolgreich wurde Bartos-Höppner mit der von ihr geschaffenen Kinderbuch-Figur Schnüpperle und der Anthologie-Reihe Geschichten unserer Zeit. 1970 war sie die erste deutsche Jugendbuchautorin, die in den PEN-Club aufgenommen wurde. Ihre Geschichten fanden Einzug in Schulbücher verschiedener Verlage, und sie engagierte sich auch in der Leseförderung für Grund- und Sonderschulen. Ihre Bücher wurden in achtzehn Sprachen übersetzt.
Barbara Bartos-Höppner lebte von 1969 bis zu ihrem Tod in Nottensdorf/Niederelbe. Ihre Grabstätte befindet sich auf dem Friedhof der St.-Petri-Gemeinde in Buxtehude.