Johann Samuel Schroeter wurde als Sohn des königlich polnischen und kurfürstlich sächsischen Oboisten im Graf Brühlschen Regiment, Johann Friedrich Schroeter und dessen Frau Marie geboren. Nach verschiedenen Quellen sind als Geburtsjahr 1750, 1752 oder 1753 angegeben. Die Schroeters waren eine Musikerfamilie. Johann Samuel und seine Geschwister Corona (1751 - 1802), Heinrich (1760 - nach 1782) und Marie Henriette (1766 - nach 1804) erhielten vom Vater Musikunterricht und schlugen später ebenfalls eine Karriere auf dem Gebiet der Musik ein.
Schroeter ging nach Leipzig und studierte bei Johann Adam Hiller Musik. Ab 1765 trat er zunächst als Sopransolist auf. Der Stimmbruch beendete seine Gesangskarriere und er widmete sich nun dem Klavierspiel und dem Komponieren. 1767 trat Schroeter als Pianist beim Großen Konzert in Leipzig auf. Es folgten Konzerttourneen durch die Niederlande und England. Am 2. Mai 1772 debütierte er in London mit einem selbstkomponierten Klavierkonzert. Schroeter ließ sich in London nieder, wo er zunächst von Johann Christian Bach gefördert wurde, eine Organistenstelle übernahm und zur Deckung seines Lebensunterhalts zusätzlich Klavierunterricht gab. Er wurde schnell einer der beliebtesten Pianisten und Klavierlehrer Londons. Nach Bachs Tod 1782 wurde er Music Master der Königin Charlotte. Seine Auftritte als Pianist trugen zu einer frühen Begeisterung für das Klavier auf der britischen Insel bei[1].
Nach 1782 heiratete er heimlich eine etwa 20-jährige Klavierschülerin, von der nur der Vorname Rebecca überliefert ist. Da deren Eltern scheinbar aus den besseren Kreisen stammten, sollen sie Schroeter die damals erhebliche Summe von 500 Pfund Sterling pro Jahr unter der Bedingung gezahlt haben, das er seinen Tätigkeit als Klavierlehrer aufgab. Jedenfalls spielte Schroeter seit seiner Hochzeit nur noch für seine Gönner aus den adeligen und hochadeligen Kreisen, die bis in die Königsfamilie hineinreichten, so z.B. für Prinz Georg, den Prince of Wales.
Schroeter lebte mit seiner Frau in seinem Haus in Pimlico bei London, wo er 1788 nicht einmal 40-jährig verstarb.
Der verheiratete Joseph Haydn lernte wenige Jahre später Rebecca Schroeter kennen, verliebte sich in die junge Witwe und widmete ihr seine Trios op. 73