Johann Crüger war der Sohn eines Gastwirts. Bis 1613 besuchte er die Lateinschule in Guben. Auf seiner anschließenden Wanderschaft über Sorau und Breslau gelangte er nach Regensburg, wo er eine erste musikalische Ausbildung bei Paulus Homberger erhielt. Auf der weiteren Wanderung kam er 1615 nach Berlin, wo Crüger sich am Berlinischen Gymnasium zum Grauen Kloster auf das Theologiestudium vorbereitete. Ab 1620 studierte er Theologie an der Universität Wittenberg und bildete sich im Selbstunterricht musikalisch weiter. Von 1622 bis zu seinem Tode war er 40 Jahre lang Lehrer am Gymnasium Zum Grauen Kloster und gleichzeitig Kantor der St.-Nicolai-Kirche in Berlin.
Eine seiner Töchter heiratete den Hofmaler Michael Conrad Hirt, der ihn auch porträtierte.