Rotter wurde als Sohn des Journalisten Walter Rotter (1905–1978) geboren, der Redakteur beim Main-Echo war. Sein Bruder ist der Mittelalterhistoriker Ekkehart Rotter, mit dem er zusammen 1999 das Buch Venus, Maria, Fatima. Wie die Lust zum Teufel ging schrieb, das sich mit der Sexualitäts- und Frauenfeindlichkeit islamischer und christlicher Traditionen beschäftigt.
Gernot Rotter promovierte an der Universität Bonn über Die Stellung des Negers in der islamisch-arabischen Gesellschaft bis zum XVI. Jahrhundert. Sein Lehrer in Bonn war Gustav Mensching. Die Habilitation erfolgte 1977 an der Universität Tübingen mit einer Arbeit über die Umayyaden. Sein Lehrer in Tübingen war Josef van Ess.
1980 bis 1984 war er Direktor des deutschen Orient-Instituts in Beirut. Anschließend wurde er Professor für gegenwartsbezogene Orient-Wissenschaft am Orientalischen Seminar der Universität Hamburg. 2005 wurde er emeritiert. Rotter gab die Bibliothek Arabischer Klassiker heraus.
Von 1987 bis 1991 war er Abgeordneter der Grünen im Rheinland-Pfälzischen Landtag. 1988 stellte er im Landtag den Antrag, die Todesstrafe aus dem Text der Landesverfassung zu streichen.[1] Nach dem Golfkrieg von 1991 kritisierte er die deutschen Medien, weil sie nach seiner Auffassung ein verzerrtes Islambild kolportierten. Rotter gehörte 2001 zu den Erstunterzeichnern des Berliner Aufrufs.[2]
Rotter war Mitglied des Rates für Migration. Rotter bezeichnete sich als Atheist. Er war der Meinung, Theologie sei keine Wissenschaft und habe an der Universität nichts zu suchen