Altner studierte evangelische Theologie und Biologie in Wuppertal, Göttingen, Mainz und Gießen. Seit 1961 in der Akademiearbeit der Evangelischen Kirche im Rheinland tätig, war er von 1968 bis 1971 Studienleiter für Grenzfragen im Bereich Theologie und Naturwissenschaften an der Evangelischen Akademie in Mülheim an der Ruhr.

 1971 erhielt Günter Altner einen Ruf als Ordinarius für Humanbiologie an der Pädagogischen Hochschule Schwäbisch Gmünd, wechselte aber bereits 1973 als Wissenschaftlicher Referent an die Forschungsstätte der Evangelischen Studiengemeinschaft (FEST) in Heidelberg. Von 1977 bis zu seiner Emeritierung 1999 war Altner Professor für Evangelische Theologie mit Schwerpunkt Systematische Theologie und Sozialethik an der Universität Koblenz-Landau. Von 1979 bis 1982 war er Mitglied der Enquete-Kommission Zukünftige Energiepolitik des Deutschen Bundestags, von 1999 bis 2002 Mitglied im Ethik-Beirat beim Bundesministerium für Gesundheit. Altner, der 1977 zu den Mitbegründern des Freiburger Öko-Instituts gehörte, lebte zuletzt in Berlin.