Der Sohn des Gewandschneiders Johannes Tost und dessen Frau Anna, die Tochter des Baumeisters Ernst Löckner und der Dorothea Siber, hatte zuerst die Schule in Glatz besucht. Anschließend frequentierte er die Schule in Triebel und Königgrätz, wo er ein Jahr lang Tschechisch lernte.[2] 1574 bezog er ein Jahr das Maria-Magdalenen-Gymnasium in Breslau und war danach drei Jahre lang am Breslauer Elisabeth Gymnasium bei Petrus Vincentius in der Ausbildung.
1578 nahm er ein Studium an der Universität Frankfurt (Oder) auf, um philosophische Studien zu absolvieren. Hier erwarb er sich am 20. April 1581 den akademischen Grad eines Magisters der Philosophie, setzte seine Studien an der Universität Wittenberg und an der Universität Leipzig fort. Nachdem er Ende 1581 nach Frankfurt zurückgekehrt war, berief man ihn 1582 zum Inspektor der Frankfurter Hochschule, er wurde 1586 außerordentlicher Professor der Mathematik und der griechischen Sprache sowie am 3. Januar 1588 ordentlicher Professor der Mathematik und Astronomie.
Als Astrologe füllte die Anfertigung von Kalendern einen großen Teil seiner Zeit aus, doch sind seine 1620 erschienenen Nachträge zum großen chronologischen Werk des Sethus Calvisius auch wissenschaftlich nicht wertlos. Nachhaltig hat sein Ephemeridum, ein Opus, das größter Arbeit bedurfte, ihn in der ganzen Welt berühmt gemacht. Origanus beteiligte sich auch an den organisatorischen Aufgaben der Frankfurter Hochschule. So war er neun Mal Dekan der philosophischen Fakultät, in den Sommersemestern 1591 sowie 1603 Prorektor und im Sommersemester 1611 sowie im Wintersemester 1621 gleichbedeutender Rektor der Frankfurter Alma Mater.[3] Er wurde am 15. Juni in Frankfurt begraben.
Seine „Ephemerides novae brandenburgicae“, welche sich über den Zeitraum von 1595 bis 1630 erstrecken, verwickelten ihn zwar in unangenehme Prioritätsstreitigkeiten mit Giovanni Antonio Magini und Georg Rollenhagen, beweisen aber doch auch, dass ihm in einzelnen Dingen eine selbständige wissenschaftliche Auffassung eigen war. In diesem Hauptwerk vertrat Origanus das tychonische System; seine an Johannes Kepler gerichteten Briefe lassen auch erkennen, dass ihn die mannigfachen Fehler der prutenische Tafeln bewogen hatten, neue Planetentafeln sowohl nach copernicanischen als auch nach tychonischen Grundsätzen zu konstruieren und so einen Vergleich beider Theorien zu ermöglichen.
Während aber Tycho Brahe auch die tägliche Bewegung der Erde geleugnet hatte, ließ Origanus diese zu und kam hinsichtlich der Achsendrehung den Ansichten des Nicolaus Copernicus entgegen. Einen ähnlichen Standpunkt wie diesen von Origanus in der Vorrede zu seinen Ephemeriden dargelegten Standpunkt hat auch ein anderer Anhänger Brahes, der Däne Christian Sørensen Longomontanus, eingenommen.
Origanus war zwei Mal verheiratet. Seine erste Ehe schloss er am 25. November 1583 mit Catharina (begr. 10. Mai 1608), die Tochter des Professors der griechischen Sprache Matthäus Host und dessen Frau Clara Harckenstroh (Harkenstroin), die Tochter eines Berliner Bürgermeisters. Seine zweite Ehe ging er am 7. April 1611 mit Catharina, Tochter des Juristen in Küstrin Hieronymus Winse, ein. Die Ehe blieb kinderlos. Von seinen Kindern kennt man:
- Johannes Origanus († jung; begr. 24. Januar 1595 in Frankfurt)
- Catharina Origanus
- 1. Ehe mit Johann Crugerus Dr. theol. Pfarrer an St. Jacobi in Stettin
- 2. Ehe Valentin Arithmaeus Jurist und Poet Professor Frankfurt (Oder)
- 3. Ehe Sebastian Roberus jur. Prof. subst. in Frankfurt