Der Sohn des Frankensteiner Gerichtsschöffen Johannes Wängler und der Magdalena Franck besuchte ab 1564 die von dem Humanisten Christoph Schilling geleitete Schule in Hirschberg (Riesengebirge) und folgte diesem 1566 an das Gymnasium in Amberg (Oberpfalz). Schilling gräzisierte Wänglers Familiennamen zu Pareus (zu altgriechischπαρειά die Wange, παρήιος von den Wangen). Nach Heidelberg gewechselt, fand Pareus als Alumnus Aufnahme in das Sapienzkolleg unter dem BreslauerZacharias Ursinus, einem der führenden reformierten Theologen, und studierte ab 1566 an der Heidelberger Universität die Fachrichtungen Philologie und Theologie.

Nach Abschluss seines Studiums wurde Pareus 1571 für wenige Monate Prediger in Niederschlettenbach (Südpfalz), ehe er als Lehrer ans Pädagogium in Heidelberg berufen wurde. 1573 übernahm er die Pfarrstelle an der St.-Laurentius-Kirche in Hemsbach an der Bergstraße, 1577 in Oggersheim. Nach dem Tod des dem Calvinismus zugeneigten Kurfürsten Friedrich III. und dem Religionswechsel der Kurpfalz zum Luthertum folgte Pareus 1578 einem Ruf des PfalzgrafenJohann Casimir an das als Universität für Calvinisten gegründete Casimirianum in Neustadt an der Weinstraße und versah zugleich die Pfarrstelle im benachbarten Winzingen. Als Johann Casimir – wegen des Todes seines kurfürstlichen Bruders Ludwig VI. – 1583 Administrator der Kurpfalz wurde, machte er Pareus zunächst zum stellvertretenden Leiter, dann zum Leiter des Sapienzkollegs Heidelberg. 1598 schließlich erhielt Pareus einen Lehrstuhl für Theologie an der Universität Heidelberg, zunächst für Altes, dann für Neues Testament. Diese Position hatte er inne, bis er – 1618 hatte der Dreißigjährige Krieg begonnen – 1621 vorübergehend nach Annweiler am Trifels fliehen musste, da spanische Truppen Heidelberg bedrohten. Kurz nach seiner Rückkehr nach Heidelberg im Mai 1622 starb er in seinem Haus am unteren Schlossberg, dem Pareanum, das er 1607 erworben hatte.