Im Alter von sieben Jahren wanderte er mit seinem Vater aus Oberschlesien nach Deutschland aus.
Schäfer begann das Fußballspiel beim SC Drispenstedt, einem Verein in einem Vorort von Hildesheim. Bereits im Alter von 12 Jahren fiel sein Talent den Spähern von Hannover 96 auf und sie holten ihn in die Jugendmannschaft des damaligen Zweitligisten. Bereits zur Saison 1996/97 rückte der 17-Jährige in den Kader der ersten Mannschaft der Hannoveraner, die zu diesem Zeitpunkt in der Regionalliga spielten. In den folgenden beiden Spielzeiten, in denen der Wiederaufstieg in die zweite Liga gelang, schaffte er es jedoch nicht in die Stammformation.
So entschied er sich zur Saison 1998/99 zum VfB Lübeck zurück in die Regionalliga zu wechseln. Nach acht Einsätzen in der Saison 1998/99 entwickelte er sich in der Folgesaison zum Stammtorhüter und absolvierte 33 Ligaspiele. 2000/01 war er gar in 35 Meisterschaftsspielen im Einsatz. Drei Jahre lang erreichte der VfB nur den Platz unmittelbar hinter den Aufstiegsränge zur 2. Bundesliga. Diese Spitzenposition war auch der beständigen Leistungen Schäfers zu verdanken; jedoch erst 2002, nach dem Schäfer den Verein verlassen hatte, gelang der Aufstieg.
Im Sommer 2001 wechselte Schäfer dann zum 1. FC Nürnberg, der gerade in die erste Liga aufgestiegen war. Hier musste sich Schäfer mit dem Posten des Ersatzkeepers hinter Darius Kampa zufriedengeben. Dieser genoss das Vertrauen von Trainer Klaus Augenthaler. Es schwand jedoch nach einigen schwachen Leistungen, so dass Schäfer am 16. März 2002 sein Erstligadebüt gegen Borussia Mönchengladbach feiern konnte. Trotz einer guten Leistung musste er zum nächsten Spiel wieder ins zweite Glied zurücktreten. Dort verbrachte er auch die folgende Saison, so dass er zum Zeitpunkt des Abstiegs lediglich drei Bundesligaspiele absolviert hatte.
Mit dem Beginn der Zweitligasaison 2003/04 änderte sich die Situation im Nürnberger Tor. Auch weil die Vereinsführung um den damals in Doppelfunktion (Trainer und Manager) tätigen Wolfgang Wolf auf einen gewinnbringenden Verkauf Kampas spekulierte, wurde Schäfer zur Nummer 1 ernannt. Auch nachdem Kampa im Verein blieb und nicht verkauft wurde, konnte Schäfer seinen Posten als Stammtorwart – auch gegen den Unmut eines nicht geringen Teils der Anhänger – verteidigen und absolvierte 33 Spiele für den 1. FC Nürnberg. Der Streit um die Benennung Schäfers setzte sich auch nach dem Wiederaufstieg zu Beginn der Saison 2004/05 fort. Erneut konnte sich Schäfer jedoch im Duell um den Platz zwischen den Pfosten durchsetzen, diesmal gegen Daniel Klewer. Während der Vorrunde musste sich Schäfer so trotz relativ konstanter Leistungen von einigen Anhängern Kritik anhören. Die Stimmen der Kritiker verstummten jedoch im Verlauf der Rückrunde, als er nach überstandener Verletzung einen entscheidenden Anteil zum Klassenerhalt beitrug, so dass seine Position als Stammkeeper beim 1. FC Nürnberg zu Beginn der Saison 2005/06 zum ersten Mal nahezu unumstritten war. Er absolvierte alle 34 Bundesligaspiele und musste nur ein Mal verletzungsbedingt ausgewechselt werden. Zur Saison 2006/07 wurde Schäfer zum Mannschaftskapitän gewählt. Dass er sich nun auch bei den Fans durchgesetzt hatte, wurde deutlich, als ihn diese in der Winterpause über Internetabstimmung zum Cluberer der Hinrunde wählten.[1]
In seinem letzten Pflichtspiel für Nürnberg traf Mannschaftskapitän Schäfer im Finale des DFB-Pokals 2007 ausgerechnet auf seinen zukünftigen Verein und amtierenden Deutschen Meister VfB Stuttgart. Das Spiel endete 3:2 nach Verlängerung für den Club.
Am 23. Januar 2007 einigten sich der 1. FC Nürnberg und der VfB Stuttgart auf einen Transfer von Schäfer zum VfB zur Saison 2007/08. Zwar war Schäfers Vertrag zu Saisonende ausgelaufen, jedoch zog der 1. FC Nürnberg seine Option auf Verlängerung. Somit musste der VfB eine Ablöse zahlen, da sie ihn sofort als Ersatz für den ins Ausland gewechselten Stammtorhüter Timo Hildebrand wollten. Die Ablösesumme soll zwei Millionen Euro betragen haben. Schäfer einigte sich mit den Stuttgartern auf einen bis 2011 gültigen Vierjahresvertrag. Sein erstes Ligaspiel für die Schwaben bestritt er am 10. August beim Saisoneröffnungsspiel gegen den FC Schalke 04 (2:2). Außerdem spielte er erstmals im Europapokal: Mit Stuttgart hatte er sechs Einsätze in der Champions League 2007/08, nach der Vorrunde kam jedoch das Aus mit nur drei Punkten. Schäfer hatte von Anfang an bei einigen Fans einen schlechten Stand, weil er im DFB-Pokalfinale 2007 als Kapitän des 1. FC Nürnberg eine rote Karte für den Stuttgarter Cacau gefordert hatte. Nach der Auswärtsniederlage am 18. Spieltag im Rückspiel gegen Schalke erhielt Schäfers Konkurrent Sven Ulreich in den kommenden zehn Bundesligaspielen den Vorzug vor Schäfer. Am 29. Spieltag gab Schäfer schließlich beim Heimsieg (3:0) gegen seinen Ex-Verein, den 1. FC Nürnberg, sein Comeback zwischen den Pfosten beim VfB. Vor dem letzten Saisonspiel daheim gegen Arminia Bielefeld boten VfB-Trainer Armin Veh und VfB-Manager Horst Heldt Schäfer an, bis zum Saisonende freigestellt zu werden, um ihn vor dem Unmut einiger Fans zu schützen. Schäfer entschied sich für die Freistellung. Am 25. Juni 2008 wurde Schäfers Vertrag beim VfB aufgelöst. Stuttgart hatte Jens Lehmann als neuen Torhüter verpflichtet.
Zur Saison 2008/09 kehrte Schäfer zum 1. FC Nürnberg zurück, der allerdings zwischenzeitlich in die Zweite Bundesliga abgestiegen war. Er war laut Internetabstimmung der Neuzugang, auf den sich die Fans am meisten freuten[2]. Er wurde sofort wieder Stammtorhüter mit Rückennummer 1. Zur Winterpause wurde er vom Kicker-Sportmagazin zum besten Torhüter der Zweiten Bundesliga gekürt,[3] auch wenn der Verein mit dem achten Platz hinter den eigenen Anforderungen zurücklag. Am 13. Mai blieb er gegen den VfL Osnabrück zum neunten Mal in Folge in einem Heimspiel ohne Gegentor. Damit übertraf Nürnberg den bisherigen Zweitligarekord des KSV Hessen Kassel, der in der Saison 1980/81 784 Heimspiel-Minuten ohne Gegentor geblieben war. Bereits im vorherigen Heimspiel hatte Nürnberg den Rekord für die eingleisige Zweite Bundesliga gebrochen.[4] Im folgenden Heimspiel am letzten Spieltag gegen 1860 München endete die Serie nach 945 Minuten,[5] als Schäfer in der 83. Minute wieder hinter sich greifen musste.[6] Außerdem war Nürnberg vom 24. bis zum 28. Spieltag in fünf Spielen gänzlich ohne Gegentor geblieben, was einen neuen Vereinsrekord im Profifußball bedeutete. Schäfer hatte am Ende der Saison in allen 34 Ligaspielen, zwei Pokalspielen und einem Relegationsspiel durchgespielt. In der 87. Minute des zweiten Relegationsspiels gegen Energie Cottbus am 31. Mai 2009 bekam die Nummer 2 Daniel Klewer noch einen Saisoneinsatz, nachdem die Entscheidung für den Aufstieg bereits gefallen war.[7] Schäfer hatte zudem den Großteil der Saison die Kapitänsbinde getragen, da der eigentliche Kapitän, der Abwehrchef Andreas Wolf, wegen zwei schwerer Verletzungen nur zu sieben Einsätzen gekommen war. Auch nach der Rückrunde wählte ihn der Kicker wieder zum besten Ligatorhüter.[8] Da er zudem in 16 Spielen ohne Gegentor geblieben war, erhielt er vom DSF die Auszeichnung „Weiße Weste“.[9]
Am dritten Spieltag der Saison 2009/10 absolvierte er sein 100. Erstligaspiel für Nürnberg, das eine 0:2-Heimniederlage gegen Hannover 96 wurde.[10] Am 13. Spieltag sorgte Schäfer während eines 3:2-Sieges beim Meister VfL Wolfsburg für Aufsehen, als er dem früheren Nürnberger Zvjezdan Misimović mutmaßlich zwischen die Beine trat.[11] Der Schiedsrichter ahndete dies nicht, das DFB-Sportgericht bezeichnete es jedoch am 26. November als „krass sportwidriges Verhalten in der Form einer Tätlichkeit gegen den Gegner nach einer zuvor an ihm begangenen sportwidrigen Handlung“ und sperrte den Torhüter für vier Ligaspiele. Der 1. FC Nürnberg legte zwar Einspruch ein und argumentierte, der Schiedsrichter habe die Situation sehen müssen, weshalb die Tatsachenentscheidung gelten müsse,[12] nach einer mündlichen Verhandlung in Frankfurt wurde die Sperre jedoch bestätigt.[13] Schäfer wurde schließlich von Alexander Stephan vertreten, der dadurch zu seinem Profi-Debüt kam. In der Rückrunde zeigte Schäfer wieder stabile Leistungen und musste nur einmal ausgewechselt werden, als er in den letzten Minuten eine Verletzung erlitten hatte. Der Verein beendete die Saison auf dem Relegationsplatz. In den folgenden Spielen gegen den FC Augsburg blieb Schäfer wieder ohne Gegentor und der Klassenerhalt gelang. Am Ende der Saison wählten ihn über 25.000 Fans zum Cluberer der Saison.[14] Zur Spielzeit 2010/11 überraschte Nürnberg und hielt sich frühzeitig fern von den Abstiegsplätzen. Abschließend belegte der FCN den sechsten Rang in der Liga. Im Sommer nach dieser guten Platzierung unterzeichnete Schäfer einen bis 2014 datierten Vertrag beim Club. Zudem kündigte er an, sein Karriereende in Nürnberg zu planen.[