Mynarek wuchs in einem katholischen Elternhaus auf. Die NSDAP schlug ihn für den Besuch einer NS-Eliteschule vor, was ihm aber von seinem Vater untersagt wurde. Stattdessen besuchte er das Gymnasium in Groß Strehlitz. 1945 geriet Mynarek in polnische Gefangenschaft. Während der Wochen seiner Haft fasste er den Entschluss, katholischer Priester zu werden. Er studierte Theologie, Philosophie und Psychologie und schloss 1952 mit einem Examen über theologische Aspekte bei dem Lebensphilosophen Max Scheler ab. 1953 wurde Mynarek zum katholischen Priester geweiht. 1954 promovierte er über „Johannes Hessens Philosophie des religiösen Erlebnisses“.
1958 siedelte Mynarek in die Bundesrepublik Deutschland über und wurde 1966 als Professor für Fundamentaltheologie und Religionswissenschaft an die Universität Bamberg berufen. 1968 wechselte er als Professor für Religionswissenschaft an die Universität Wien. An dieser Fakultät wurde er 1971/72 zunächst Prodekan (stellvertretender Dekan), dann Dekan.
Hubertus Mynarek ist verheiratet und hat drei Kinder. Er lebt in Odernheim in der Nähe von Bad Kreuznach.
1972 verfasste Mynarek einen offenen Brief an Papst Paul VI., in welchem er die Aufhebung des Zölibates und die Demokratisierung der katholischen Kirche fordert. Im gleichen Jahr trat er aus der Kirche aus und heiratete. Eigenangaben zufolge ist er damit der erste Universitätsprofessor der deutschsprachigen Theologie im 20. Jahrhundert gewesen, der aus der Katholischen Kirche austrat. Noch 1972 wurde ihm die kirchliche Lehrerlaubnis entzogen. Vom österreichischen Staat wurde er daraufhin zwangspensioniert. Mynarek sieht darin einen Beweis für die weitgehende Zusammenarbeit zwischen Kirche und Staat, die in Österreich und in Deutschland häufig zur Unterdrückung kirchenkritischer Meinungen führe.
In den meisten seiner Bücher – etwa in Herren und Knechte der Kirche, Eros und Klerus und Die Papst-Entzauberung – kritisiert er detailliert die Lehre der katholischen Kirche und deren sichtbare Auswirkungen. Er wirft der Kirche ihre u.a. hierarchisch-undemokratische Struktur sowie die fehlende Gleichberechtigung der Frau vor. Außerdem kritisiert Mynarek die Sexualmoral der katholischen Kirche, das Hauptthema des Buches Eros und Klerus. In dem Buch Herren und Knechte der Kirche, das autobiographisch ist, bemängelte er das von ihm selbst erlebte Verhalten von Kirchenvertretern.