Rudolf Schnackenburg studierte Philosophie und Theologie an den Universitäten Breslau und München und in Breslau mit einer von Friedrich Wilhelm Maier betreuten und 1937 eingereichten Dissertation über den Glauben im Johannesevangelium in Breslau promoviert. Im selben Jahr empfing er durch Adolf Kardinal Bertram die Priesterweihe und wirkte anschließend zunächst als Seelsorger in Schlesien. 1947 habilitierte er sich mit der Arbeit Das Heilsgeschehen bei der Taufe nach dem Apostel Paulus bei Friedrich Wilhelm Maier an der Universität München für Neutestamentliche Exegese und wurde dort 1948 Privatdozent, ab 1952 war er außerordentlicher Professor für neutestmentliche Exegese an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Dillingen, 1955 ordentlicher Professor in Bamberg. Von 1957 bis 1982 lehrte er als Professor für das Neue Testament an der Julius-Maximilians-Universität Würzburg.
Schnackenburg war Mitglied der Internationalen Theologenkommission und schrieb zahlreiche Bücher, unter anderem einen Kommentar zum Johannesevangelium und wirkte an der Einheitsübersetzung der Bibel mit.
Nach seiner Emeritierung wirkte er als Seelsorger in einem Altenheim und als geistlicher Begleiter der Gemeinschaft Sant’Egidio.