Wilhelm Jannasch wuchs in Gnadenfrei, einer niederschlesischen Siedlung der Herrnhuter Brüdergemeine auf. Nach anfänglichem Besuch des Theologischen Seminars der Brüdergemeine entschied er sich zum akademischen Studium der evangelischen Theologie in Marburg, Bonn, Berlin und Heidelberg. Dort wurde er 1914 mit einer Arbeit über Erdmuthe Dorothea von Zinzendorf zum Lizentiaten der Theologie promoviert.
Im selben Jahr wurde er zum Pastor der Aegidienkirche in Lübeck berufen. Von hier wurde er für die Zeit des Ersten Weltkriegs als Marinepfarrer an die Front versetzt. Dort begegnete er 1918 in Knocke dem Lübecker Regiment.[1] 1922 erhielt er den Titel eines Hauptpastors. In den Jahren seines Lübecker Pastorat entwickelte sich Jannasch schnell zum Experten der lokalen Kirchengeschichte, insbesondere der Reformationsgeschichte der Hansestadt. Seine geschichtlichen Arbeiten, etwa zur Geschichte des Gottesdienstes in Lübeck, hatten jedoch eine ausgesprochen praktische Ausrichtung: Geprägt von der Älteren Liturgischen Bewegung, wollte Jannasch die Volkstümlichkeit der Kirche des 16. Jahrhunderts wiedergewinnen. Dazu führte er liturgisch-kirchenmusikalische Feierstunden ein, experimentierte mit Plattdeutsch als Gottesdienstsprache und engagierte sich in der Gesangbuchdiskussion. Es ist seiner Befürwortung zu verdanken, dass das von Paul Brockhaus ausgearbeitete Niederdeutsche Krippenspiel in St. Aegidien unter dem Lettner seinen Spielort fand, wo es bis heute vom Katharineum zu Lübeck alljährlich aufgeführt wird. Jannasch lag auch die zeitgenössische künstlerische Ausgestaltung der Kirche am Herzen. Die von ihm beförderte Ausgestaltung der Nordkapelle durch GlasmalereienCurt Stoermers wurde jedoch beim Bombenangriff auf Lübeck am Palmsonntag 1942 durch eine Luftmine zerstört. Um den Gemeindeteil außerhalb der Altstadtinsel besser zu erreichen, ließ er 1930/31 das Andreas-Wilms-Haus als Gemeinde- und Vereinshaus bauen.
Jannasch gehörte von Anfang an zum Pfarrernotbund und zur Bekennenden Kirche und war weit radikaler als seine Lübecker Amtsbrüder. Aufgrund seiner scharfen Kritik wurde er schon von Juli bis Oktober 1933 suspendiert und 1934 zwangsweise in den Ruhestand versetzt. Wegen der "illegalen" Fortführung seiner pastoralen Tätigkeiten wurde er 1935 aufs neue verhaftet. Anschließend wurde er von der Leitung des Pfarrernotbunds aus Lübeck herausgeholt und im Reise- und Vortragsdienst eingesetzt. Ab 1936 war Jannasch für die Vorläufige Kirchenleitung, das Leitungsgremium des radikalen Flügels der Bekennenden Kirche in Berlin-Dahlem tätig. In dieser Funktion übergab er die mit von ihm ausgearbeitete Denkschrift an Hitler, die verschiedene Rechtsverstöße des Regimes anprangerte, am 4. Juni 1936 in der Reichskanzlei. Ab 1937 war er, immer mit Unterbrechungen durch Verhaftungen, Geschäftsführer des Pfarrernotbunds. 1942 erhielt er wegen einer Predigt zu Martin Niemöllers 50. Geburtstag eine Verurteilung zu zweimonatiger Gefängnishaft.
1946 wurde Wilhelm Jannasch durch Niemöllers Initiative auf den Lehrstuhl für Praktische Theologie der neu entstehenden Johannes Gutenberg-Universität Mainz berufen. Zugleich mit der Professur übernahm er das Amt des Dekans der Evangelisch-Theologischen Fakultät. Dadurch prägte er die Aufbaujahre in Berufungsverhandlungen, Bemühungen um Stiftungsprofessuren und der Klärung des Verhältnisses der jungen Fakultät zu den umliegenden Landeskirchen.
1950 erhielt Jannasch den theologischen Ehrendoktor der Universität Heidelberg. Er wurde Mitherausgeber der Zeitschrift Verkündigung und Forschung, Betreuer der Abteilung Praktische Theologie des Lexikons Religion in Geschichte und Gegenwart (RGG), für dessen 3. Auflage er selbst 116 Artikel verfasste, und Mitglied der Landessynode der Ev. Kirche in Hessen und Nassau.