Joseph Schröter verfasste mehrere Bücher und Texte. Viele Pflanzen und besonders Pilzentdeckungen sowie -beschreibungen gehen auf ihn zurück.
Joseph Schröter wuchs in Patschkau (Oberschlesien) auf, wo er auch zur Schule ging. Sein Vater war der örtliche Apotheker. Ab 1855 studierte er Medizin an der Universität Breslau. 1856 wechselte er zur Kaiser-Wilhelm-Akademie in Berlin. Dort wurde er Mitglied der Landsmannschaft Normannia.[1] Im Dezember 1859 wurde er mit der Arbeit De paralysi cerebri progressiva zum Dr. med. promoviert und im selben Jahr nahm er seinen aktiven Dienst als Militärarzt im preußischen Heer auf. Nach seiner Versetzung nach Breslau, wurde Schröter 1866 einer der ersten wissenschaftlichen Mitarbeiter am Pflanzenphysiologischen Institut der Universität Breslau - unter Ferdinand Cohn. Nach seiner erneuten Versetzung nach Breslau wurde er 1886 in den Fächern Bakteriologie und Mykologie an der Universität Breslau habilitiert und arbeitete neben seiner militärärztlichen Tätigkeit auch als Dozent. Im Jahre 1890 wurde er daraufhin zum Professor an der Universität Breslau ernannt.
Er starb 1894 nach der Rückkehr einer Expeditionsreise in die Türkei an den Auswirkungen der Malaria.