Ekkehard Klausa ist am 9. Oktober 1941 als Sohn des Landrats Dr. h.c. Udo Klausa und seiner Frau Alexandra, geb. von Schweinitz, in Gleiwitz in Oberschlesien geboren. 1961 legte er am Humboldt-Gymnasium Düsseldorf sein Abitur ab.

Er studierte Rechtswissenschaft und Soziologie an der Freien Universität Berlin (FU Berlin) und der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main, ein Jahr Literatur- und Theaterwissenschaft in den USA, promovierte 1971 juristisch und habilitierte sich 1979 in Soziologie. Als Assistenzprofessor lehrte er 1973 bis 1980 Rechtssoziologie an der FU Berlin und forschte ein Jahr an der Universität Berkeley.

Seit 1964 schreibt Klausa, ausgebildeter Zeitungsredakteur, regelmäßig als freier Mitarbeiter vor allem in der Zeit, wo er 1984 drei Monate hospitierte. Ab 1980 arbeitete er zwei Jahre lang als Oberregierungsrat im Bundesinnenministerium, ab 1984 als Regierungsdirektor in der SenatskanzleiBerlin, zunächst zwei Jahre als Redenschreiber des Regierenden Bürgermeisters Richard von Weizsäcker, danach verantwortlich für die Gedenkstätten im Land Berlin. In dieser Funktion wechselte er in die Senatsverwaltung für Wissenschaft, Forschung und Kultur bis zum Ruhestand im Jahre 2002. Zugleich lehrt er seit 1980 als Privatdozent am Institut für Soziologie der FU Berlin.

Seit 2002 lehrt er an der FU amerikanische Studenten in einem Sonderprogramm (FU Berlin Studies). Er ist ehrenamtlicher Mitarbeiter der Forschungsstelle Widerstandsgeschichte, einer gemeinsamen Einrichtung der FU Berlin und der Gedenkstätte Deutscher Widerstand, wo er sein Büro hat.