Hermann Traube war ein Sohn des Chemikers und Privatgelehrten Moritz Traube. Er besuchte das Maria-Magdalenen-Gymnasium in Breslau. Danach studierte er in Leipzig, Heidelberg, Breslau und Greifswald. Er promovierte 1884 zum Dr. phil. in Greifswald mit einer Arbeit über Mineralogie. Zu H. Traubes Lehrern gehörten u.a. Heinrich Irenaeus Quincke (1842-1922) (Heidelberg); Theodor Poleck, Carl Friedländer (1847-1887) und Ferdinand Cohn (Breslau). Ab 1889 war er Dozent der Mineralogie und außerordentlicher Professor (1905) an der Universität Berlin sowie Extraordinarius in Greifswald (1905-1906).