Hübner besuchte seit 1821 die Kunstakademie zu Berlin, wurde 1823 Schüler Wilhelm von Schadows und folgte diesem 1826 nach Düsseldorf. Im Jahr 1828 trat er mit seinem Gemälde Die Fischer nach Goethes Ballade hervor, woran besonders die Schönheit der Formen und des Ausdrucks gefiel.
Zu gleicher Zeit erschien das Bild Roland, die Prinzessin Isabella aus der Räuberhöhle befreiend (gestochen von Joseph von Keller). Während seines Aufenthalts in Italien malte er die Ruth ihre Schwiegermutter Naemi in die Fremde begleitend (1831, Berliner Nationalgalerie). Für den Berliner Kunstverein entstand 1832 Simson, die Säulen einreißend.
1834 ging er wieder nach Düsseldorf, von wo er 1839 an die Kunstakademie nach Dresden berufen wurde. Seit 1841 Professor an derselben, entfaltete er eine umfangreiche Lehrtätigkeit. 1871 wurde er Direktor der Dresdner Königlichen Gemäldegalerie (heute: Gemäldegalerie Alte Meister und Galerie Neue Meister) und starb am 7. November 1882 in Loschwitz bei Dresden, nachdem er kurz vorher in den Ruhestand getreten war.
Von seinen übrigen Werken aus der ersten Periode sind noch zu nennen:
- Christus und die Evangelisten (1835, Kirche zu Meseritz)
- Hiob und seine Freunde (Städelsches Institut zu Frankfurt)
- Das Liebespaar des Hohenliedes
- Christuskind auf Wolken (Nationalgalerie zu Berlin)
- Die Schutzengel (ebendaselbst)
- Felicitas und der Schlaf aus Tiecks "Octavianus" (Museum zu Breslau)
- Gemälde "Auferstehung" 1845 (St. Marien - Kirche, Dommitzsch Sachsen)
Für den Kaisersaal im Frankfurter Römer malte er Friedrich III., für die Stadtkirche zu Meißen einen Christus, für die Marktkirche in Halle ein großes Altarbild: Sehet die Lilien auf dem Feld, nach der Bergpredigt.
In Dresden entstanden:
- Das goldene Zeitalter (Dresdener Galerie, eine Wiederholung in der Berliner Nationalgalerie),
- ein großes Bild aus der Apokalypse: die Hure Babylon auf dem siebenköpfigen Drachen auf Wolken, während der Engel des Herrn dem Evangelisten die Vision deutet (1852, Petersburg)
- Karl V. in San Yuste
- Friedrichs letzte Tage in Sanssouci
- Amor im Winter
- Magdalena vor dem Leichnam Christi
- der Jesusknabe im Tempel
- Die Disputation Luthers mit Eck (Dresdener Gemäldegalerie).