Eugen Fraenkel (* 28. September 1853 in Neustadt; † 20. Dezember 1925 in Hamburg) war ein deutscher Mediziner

Fraenkel arbeitete als Pathologe und Bakteriologe am an die Universität Hamburg angeschlossenen Eppendorfer Krankenhaus, wo er den Gasbrandbazillus (Bacillus' fraenkeli, später auf Clostridium perfringens umbenannt) entdeckte. Während des Ersten Weltkriegs diente er im deutschen Heer.

Eugen Fraenkel war mit Marie (geb. Deutsch, 1861–1944) verheiratet. Das Ehepaar hatte drei Kinder: Max Fraenkel (1882–1938), Hans Fraenkel (1888-1971) und Margarete Kuttner geb. Fraenkel (1884–1944). Hans verließ Deutschland, um als Ökonom und Journalist in der Schweiz zu arbeiten; seine Nachkommen leben in der Schweiz und Italien. Max, der Arzt in Hamburg war, beging unter dem Druck antisemitischer Schikane Selbstmord. Marie kam im Konzentrationslager Theresienstadt ums Leben, Margarete, die nach Berlin gezogen war, im November 1944 während der letzten Vergasungen in Auschwitz-Birkenau.