Middeldorpf studierte ab 1842 in Breslau und Berlin. 1846 wurde er Assistent bei Jan Evangelista Purkinje und 1849 Assistenzarzt am Spital Allerheiligen, wo er seine Untersuchungen über Akupunkturnadeln (Akidopeirastik). 1850 begann er seine Studien über Galvanokaustik, die er als chirurgische Operationsmethode im weitesten Sinn begründete. 1852 habilitierte er sich in Breslau als Privatdozent für Chirurgie. Im Jahre 1854 wurde er Professor und 1856 Direktor der chirurgischen und augenärztlichen Klinik und Poliklinik.
Als Generalarzt diente Middeldorpf 1864 im Krieg gegen Dänemark und 1866 gegen Österreich. Die Methode der Unterbindung der Arterien durch perkutane Umstechung, Wege zur Heilung von Magenbauchwandfisteln durch plastische Operation und die Operation von Speiseröhrenpolypen zählen ebenso zu seinen besonderen medizinischen Leistungen.