1840 wurde Theiner zum Consultor der Indexkongregation ernannt. 1851 wurde er Koadjutor des Präfekten des Vatikanischen Archivs und 1856 Präfekt.
Er wurde auf dem deutschen Friedhof in Rom beigesetzt. Sein Grabdenkmal schuf der Freiburger Bildhauer Julius Seitz.[1]
Sein Bruder Johann Anton Theiner (1799–1860) war ebenfalls Theologe, unter anderem Professor an der Universität Breslau.