Marszalek studierte in Breslau. Nach ersten Jahren musikalischer Tätigkeit in Schlesien (als Kino- und Theaterdirigent und als Kapellmeister bei der Schlesischen Funkstunde AG, dem Breslauer Rundfunk) war er ab 1933 in Berlin als Dirigent und gefragter Arrangeur (auch für den Tonfilm) tätig. In den Kriegsjahren arbeitete er beim „Reichsrundfunk“.
Von 1949 bis 1965 war er der Dirigent des Kölner Rundfunkorchesters. Mit diesem Orchester setzte er beim WDR Akzente im Bereich der Operette, der leichten Klassik und gehobenen Unterhaltungsmusik; so pflegte er beispielsweise intensiv das Werk seines Freundes Eduard Künneke. Ganz besonders setzte er sich auch für die von ihm sehr geschätzten Leo Fall und Walter Wilhelm Goetze ein. Er legte frühe Gesamtaufnahmen von Der Zigeunerbaron und Karneval in Rom (Johann Strauss (Sohn)), Das Land des Lächelns und Paganini (Franz Lehár) sowie Liebe im Dreiklang (Walter Wilhelm Goetze), allesamt mit Peter Anders, vor. Marszalek galt als „wandelndes Operettenlexikon“. Sein Können und seine Kenntnisse auf diesem Gebiet sind unerreicht.
Seine Einspielungen, die durch natürliche Lebendigkeit und hohe Qualität hervorstechen, gehören auch heute noch zum Repertoire des Hörfunks. Zu den von ihm häufig eingesetzten Künstlern gehören u.a. Anny Schlemm, Franz Fehringer, Herta Talmar, Renate Holm, Ingeborg Hallstein, Sándor Kónya, Heinz Hoppe, Rita Bartos, Willy Hofmann, Benno Kusche, Willy Schneider und Herbert Ernst Groh. Für das Fernsehen betreute Marszalek in den späten fünfziger und frühen sechziger Jahren die Musikaufnahmen etlicher Operettenproduktionen (u.a. mit dem jungen Fritz Wunderlich). Marszalek war nicht nur ein eminenter Operettendirigent: mit dem Kölner Rundfunk-Sinfonie-Orchester nahm er ein umfangreiches Repertoire klassischer Musik auf. Auch hier, wie im Bereich der Operette, spielte er viele Raritäten ein.
Daneben betreute Franz Marszalek in den 1950er und 1960er Jahren eine Rundfunksendung des WDR unter dem Titel Herr Sanders öffnet seinen Schallplattenschrank, in der er klassische Musik und Opern in historischen Aufnahmen vorstellte.[1]
Sein Sohn ist der Kameramann Michael Marszalek. Die Grabstätte Marszaleks befindet sich auf dem Westfriedhof in Köln.