Chlodwig zu Hohenlohe-Schillingsfürst stammte von einer seit 1153 urkundlich bekannten fränkischen Familie ab, die bis 1806 reichsunmittelbar gewesen war.
Er war der zweite von fünf Söhnen des Fürsten Franz-Joseph zu Hohenlohe-Schillingsfürst (1787–1841) und dessen Frau, Prinzessin Konstanze zu Hohenlohe-Langenburg (1792–1847). Wie sein Vater war er katholisch, seine Mutter protestantisch getauft. Die Brüder von Chlodwig zu Hohenlohe-Schillingsfürst – im Verwandtenkreis wurden die vier überlebenden Söhne auch „die vier Haimonskinder“ genannt – waren:
- Viktor (1818–1893, der spätere Herzog von Ratibor),
- Philipp Ernst (1820–1845),
- Gustav Adolf (1823–1896, später Kardinal),
- Konstantin zu Hohenlohe-Schillingsfürst (1828–1896, der spätere Obersthofmeister des österreichischen Kaisers in Wien).
Der Schwager des Vaters, der kinderlose Landgraf Victor Amadeus von Hessen-Rotenburg (1779–1834), hatte beschlossen, seinen Allodial-Besitz – Ratibor in Schlesien, Corvey in Westfalen und Treffurt im Regierungsbezirk Erfurt – den beiden ältesten Söhnen des Fürsten Franz-Joseph zu vererben. Bei ihm in Rotenburg an der Fulda und im Schloss Schillingsfürst in der Nähe von Rothenburg o. d. Tauber in Mittelfranken brachte Hohenlohe die meiste Zeit seiner Kindheit zu.