Lindner wuchs in Innsbruck auf. Nach der Matura Studium in Wien, Dr. phil. (Theaterwissenschaft, Kunstgeschichte und Philosophie). Ab 1974 arbeitete Lindner als Freie Mitarbeiterin beim ORF in Wien in der Abteilung Politik und Zeitgeschehen. Sie wurde 1979 zur Leiterin der Pressestelle des ORF bestellt.
1991 übernahm Monika Lindner die Leitung der Vorabendserie WIR. 1995 entwarf sie das Konzept der Vorabendserie Willkommen Österreich und wurde mit der Leitung der Sendung betraut. Für diese Sendung wurde sie 1995 auch mit der Goldenen Romy für die Beste Programmidee geehrt.
Ab Oktober 1998 nahm sie die Stellung der Landesintendantin des ORF-Landesstudios Niederösterreich ein. Ab 1. Jänner 2002 war Monika Lindner Generaldirektorin des Österreichischen Rundfunks. Aufgrund ihres ruppigen und kompromisslosen Führungsstiles wurde sie von der Belegschaft liebevoll „Eisenkralle“ genannt.
Am 17. August 2006 verlor sie die Generaldirektorenwahl gegen den bisherigen kaufmännischen Direktor des ORF Alexander Wrabetz. Der Wahl war eine monatelange öffentliche Diskussion über die Zukunft des ORF und die ORF-Führung vorausgegangen. Bis kurz vor der Wahl hatte Monika Lindner als Favorit für die nächste Amtsperiode gegolten. Aufgrund seines früheren Engagements für die Sozialdemokratie galt Wrabetz als „roter“ Kandidat.
Verheiratet war sie bis zu seinem Tod mit dem langjährigen Regisseur des ORF, Otto Anton Eder.
Monika Lindner war ab 1. Jänner 2007 Beraterin der Geschäftsleitung der Medienbeteiligungstochter Medicur-Holding der Raiffeisen Zentralbank „in Zusammenhang mit den Entwicklungen im Medienbereich, insbesondere auf dem Gebiet der elektronischen Medien“. Seit Mai 2009 führt sie als Geschäftsführerin das Außenwerbeunternehmen Epamedia, das sich seit Anfang 2009 in Raiffeisen-Hand befindet.
Beim Österreichischen Roten Kreuz ist sie seit 2009 Vizepräsidentin und damit die Stellvertreterin von Fredy Mayer.[1]
Monika Lindner gilt als ÖVP-nahe und wird daher teilweise von ORF-Journalisten diesbezüglich kritisiert, als dass sie beispielsweise bei der Auszeichnung des kritischen ORF-Journalisten Armin Wolf mit dem Robert-Hochner-Preis am 17. Mai 2006 abwesend war, aber erst drei Tage zuvor noch auf einer ÖVP-Parteiveranstaltung in der zweiten Reihe gesessen hatte.
Die Kritik Armin Wolfs im Anschluss an seine Auszeichnung mit dem Robert-Hochner-Preis an der politischen Einflussnahme im ORF und dass es an redaktioneller Meinungsvielfalt fehle, wies Monika Lindner entschieden zurück. Sie bedaure es, dass Armin Wolf den Weg der „öffentlichen Selbstinszenierung“ dem der internen Aussprache vorgezogen habe. Die Reaktion Wolfs darauf: „Alles, was ich gestern gesagt habe, habe ich – und viele andere Kolleginnen und Kollegen – in den letzten Jahren in unzähligen internen Sitzungen, Versammlungen und Gesprächen mit Vorgesetzten formuliert. Es kann niemanden im Haus überrascht haben.“[2]