Marie von Ebner-Eschenbach, geborene Freiin Dubský, ab 1843 Gräfin, war die Tochter des Franz Baron Dubský, ab 1843 Graf Dubský, und seiner zweiten Frau Baronin Marie von Vockel. Väterlicherseits hat sie ihre Wurzeln im alten böhmisch-katholischen Adelsgeschlecht der Dubský von Třebomyslice. Mütterlicherseits stammt sie vom Geschlecht der sächsisch-protestantischen Familie Vockel ab. Sie hatte sechs Geschwister.
Kurz nach ihrer Geburt starb ihre Mutter. Ihre erste Stiefmutter, Eugénie Bartenstein, zu der sie eine enge Beziehung hatte, verlor sie als siebenjähriges Kind. Drei Jahre später heiratete Maries Vater in vierter Ehe Gräfin Xaverine Kolowrat-Krakowsky, eine hochgebildete Frau. Auch mit ihrer zweiten Stiefmutter pflegte Marie ein inniges Verhältnis. Diese erkannte und förderte das schriftstellerische Talent ihrer Stieftochter. Während die Familie jedes Jahr mehrere Monate in Wien lebte, nahm Xaverine ihre Stieftochter häufig mit ins Burgtheater und gab ihr literarische Anregungen.
Die Sommermonate verbrachte Marie bei ihrer Familie auf dem Schloss in Zdislawitz und im Winter wohnte sie in Wien. Viele verschiedene Personen nahmen sich der Erziehung Maries an. Dementsprechend erhielt sie auch eine unterschiedliche Prägung: mütterlicherseits von ihrer Großmutter, väterlicherseits von ihrer Tante Helen, von tschechischen Dienstmägden und von deutschen und französischen Gouvernanten. Folglich hatte sie das Glück, verschiedene Sprachen erlernt zu haben: Deutsch, Französisch und Tschechisch, wobei Französisch die Muttersprache war.