Bevor Gernot Duda in München Schauspiel- und Gesangsunterricht nahm, studierte er Theaterwissenschaft und Germanistik. Sein erstes Engagement erhielt er am Stadttheater Ingolstadt. Es folgten weitere Theaterrollen, bevor er für den Kinofilm entdeckt wurde. Bekannt wurde Duda aber meist durch Nebenrollen in Hunderten von Fernsehproduktionen.
Im Synchronstudio sprach Gernot Duda die deutschen Stimmen von Charles Bronson und Yul Brynner. In der Zeichentrickserie Wickie und die starken Männer lieh er dem dicken Faxe seine Stimme, in Disneys Gummibärenbande hörte man ihn als Tummi Gummi. Fans der Serie Die Simpsons kennen ihn als Stimme des Barney Gumble und Hans Maulwurf. In dem James Bond-Film Leben und Sterben lassen synchronisierte er den einarmigen Bösewicht „Tee Hee“, dargestellt von Julius W. Harris.
Gernot Duda war der Vater von Alexander Duda und Solveig Duda.