Edwin Graf von Rothkirch und Trach trat am 1. März 1908 in das 1. Großherzoglich Mecklenburgische Dragonerregiment Nr. 17 ein, hatte im Ersten Weltkrieg verschiedene Stabs- und Truppenverwendungen und war bei Kriegsende Rittmeister (seit 16. September 1917) in der 91. Division.
In der Reichswehr wurde er zunächst im 16. Reiter-Regiment eingesetzt und übernahm dort im Oktober 1924 die 6. Eskadron in Kassel. Am 3. November 1929 wechselte er in den Stab des 14. Reiter-Regiments nach Ludwigslust und wurde hier zum Major befördert. Direkt nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten im Reich wurde er für die Ausbildung von Offizieren der SA und SS an Waffen und im Reiten abgestellt. Aus dieser Zeit scheint ein enger Kontakt zur NSDAP und SS erhalten geblieben zu sein. Im Jahr 1934 ernannte man Rothkirch und Trach zum Kommandeur des 15. Kavallerie-Regiments. Im Jahr 1935 verstarb seine Frau an Blutvergiftung und der Offizier zog seinen Sohn Leopold, genannt Poldi, allein groß.
Am 1. März 1938 wurde Rothkirch und Trach Kommandeur der 2. Schützenbrigade und am 1. April 1936 wurde er zum Oberst befördert. Mit der 2. Schützenbrigade war er am Einmarsch in die "Resttschechoslowakei" im März 1939 beteiligt. Ab dem 12. September 1939 war er Generalstabschef des XXXIV. Armeekorps, einem Verband des Ersatzheeres. Am 1. März 1940 zum Generalmajor befördert, wurde Rothkirch und Trach am 25. April 1940 Kommandeur der 442. Landesschützendivision, welche in Polen als Besatzungstruppe eingesetzt war. Vom 11. Oktober 1940 an war er Kommandeur der Oberfeldkommandatur 365 im besetzten Ostpolen.
In Ostpolen verliebte sich Rothkirch und Trach in die verheiratete polnische Adelige Klementyna Mankowska. Diese gehörte der polnischen Widerstandsbewegung an und gehörte zum Widerstandksreis "Die Musketiere", der sich hauptsächlich aus dem polnischen Adel rekrutierte. Die als Widerstandskämpferin und Agentin hoch geehrte Mankowska enthüllte diese Liebesgeschichte erst in den 1990er Jahren in ihrem Buch "Odyssee einer Agentin". Es ist der letzte Brief von Rothkirch und Trach an Mankowska vom 16. November 1941 erhalten. Rothkirch und Trach schrieb am 16. November 1941: "Ich bin nach Berlin beordert worden und muß heute abend nach Deutschland fliegen. Das Übel, das sich ankündigte, ist eingetroffen. SS und Gestapo haben in der Provinz von Lemberg die Macht übernommen. Die Terrorherrschaft wird beginnen. Man wirft uns vor, zu nachsichtig gewesen zu sein. . . . Ich bitte Sie, umgehend nach Frankreich zurückzukehren. Ich werde warten, daß sich unsere Wege ein drittes Mal kreuzen. Ich träume davon . . . Von ganzem Herzen mit Ihnen für immer Ihr E.R“. Als Postscriptum: „Vernichten Sie diesen Brief sofort nach dem Lesen!“
Nachdem erste Bemühungen zum Erhalt eines Frontkommandos gescheitert waren, bekam er am 10. Januar 1942 das Kommando über die 330. Infanterie-Division übertragen. Mit der 330. Infanterie-Division, welche als Besatzungstruppe im besetzten Polen stationiert war, führte er noch im Januar die Verlegung an die Front der Heeresgruppe Mitte durch. Bei der Verlegung kam es durch das Winterklima zum Verlust von 50 % der Fahrzeuge der Division. Sofort nach Übernahme eines Frontabschnitts wurde von Rothkirch mit einem Teil seiner Truppen eingekesselt. Diese Einkesselung konnte nach kurzem durchbrochen werden. Für diesen Einsatz erhielt er die Spange zum Eisernen Kreuz II. und I. Klasse. Am 1. März 1942 folgte die Beförderung zum Generalleutnant. Für seinen Fronteinsatz wurde er am 5. November 1942 mit dem Deutschen Kreuz in Gold ausgezeichnet. Vom 8. Oktober bis zum 31. Dezember 1943 war der Graf General der Sicherungstruppen und Befehlshaber in Weißruthenien (deutsche Bezeichnung für Weißrussland). Am 1. Januar 1944 wurde er zum General der Kavallerie befördert und hatte dieses Kommando bis zum Verlust Weißrusslands nach der Operation Bagration im Juni 1944 inne.
"Charakter mit Eigenarten. Hat es im Winter 43/44 verstanden, trotz erheblicher Schwierigkeiten das ihm neu übertragene Gebiet straff zu organisieren, Gegensätze zu beseitigen und eine vertrauensvolle Zusammenarbeit mit den zahlreichen Dienststellen in seinem Bereich sicherzustellen. Den besonders in seinem Gebiet sehr umfangreichen Bandenkampf führte er umsichtig, hart und tapfer im persönlichen Einsatz. Seine nat.soz. Haltung ist einwandfrei."
Ab Juni 1944 war Rothkirch und Trach als stellvertretender Führer verschiedener Korps an der Ostfront eingesetzt. Am 3. November 1944 wurde er Kommandierender General des LIII. Armeekorps an der Westfront. Graf von Rothkirch und Trach geriet am 6. März 1945 bei Neunkirchen in US-amerikanische Kriegsgefangenschaft. Die US-Streitkräfte überstellten ihn an die Briten, und er wurde am 9. März 1945 in das Generalslager Trent Park eingeliefert. In einem abgehörten Gespräch im Lager soll Generalleutnant Friedrich Freiherr von Broich geäußert haben, dass er Graf von Rothkirch und Trach für einen äußerst gewissenlosen Menschen halte, der eng mit Partei und SA verbunden gewesen sei, so das wir (gemeint war das Heer) ihn nicht los werden konnten.