Boenisch begann seine Profikarriere beim FC Schalke 04. Zum Revierclub gelangte er über die Stationen SSVg Heiligenhaus, Borussia Velbert und Rot-Weiß Oberhausen.
Als A-Jugend-Spieler wurde Boenisch erstmals am 11. Februar 2006 beim 7:4-Sieg gegen Bayer 04 Leverkusen in der Bundesliga eingesetzt. Nur fünf Tage später feierte er beim 2:1-Sieg über Espanyol Barcelona auch sein Debüt im UEFA-Cup.
Im Team der A-Junioren des FC Schalke 04 war Boenisch mit elf Toren drittbester Torschütze der Saison 2005/6 und trug als einer der Leistungsträger dazu bei, dass die Mannschaft Deutscher Meister wurde. Im Finale am 4. Juni 2006 trug er per Foulelfmeter das zweite Tor zum 2:1-Sieg gegen den FC Bayern München bei. Bereits 2005 konnte er mit den Knappen den DFB-Junioren-Pokalsieg feiern.
Im Mai 2007 verlängerte Schalke seinen Vertrag bis 2010. Boenisch war jedoch unzufrieden, da er zu Saisonbeginn 2007/8 nicht zum 18er-Kader gehörte. Noch im August 2007 wechselte Boenisch daher zu Werder Bremen, wo er einen Vertrag bis 2011 erhielt.[1] Nach zwei Kurzauftritten fiel er zwar verletzungsbedingt für den Rest der Hinrunde aus, kam in der Rückrunde 2007/8 jedoch zu regelmäßigen Einsätzen. Bei Werder spielt er meistens als linker Verteidiger, kann aufgrund seiner Beidfüßigkeit aber auch auf der rechten Seite der Viererkette eingesetzt werden.