Zgraja studierte von 1968 bis 1977 Querflöte und Komposition an der Musikakademie Kattowitz. Danach machte er lange Zeit durch eine intensive Festival- und Konzerttätigkeit in den Genres Experimentelle Musik, Jazz, Flamenco und Klassik, die ihn durch ganz Europa und durch Asien führten, auf sich aufmerksam. Es kamen zahlreiche Rundfunk- und Fernsehaufnahmen und LP- / CD-Einspielungen zusammen.

1989 übersiedelte Krzysztof Zgraja nach Deutschland, wo aufgrund seiner stilistischen Offenheit über 150 konzertante und pädagogische Werke für Flöte solo, Duette, Trios und gemischte Besetzungen entstanden, die bei bekannten Verlagen wie Zimmermann Musikverlag, Schott Musik International, Universal Edition veröffentlicht wurden.

Seit 1990 präsentiert er ein multistilistisches und virtuoses Soloprogramm eigener Kompositionen, unterrichtet an Hochschulen und leitet Meisterkurse in vielen Ländern. Zwischen 1992 und 1998 spielte er u. a. auch Querflöte auf einigen CD-Veröffentlichungen von Horst Boesing